More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0339 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
247 aa  501  1e-141  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  57.3 
 
 
202 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.8 
 
 
250 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.27 
 
 
199 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.33 
 
 
184 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  45.66 
 
 
244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  43.09 
 
 
245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  46.43 
 
 
205 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  41.49 
 
 
216 aa  135  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  44.77 
 
 
211 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  44.77 
 
 
211 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  45.14 
 
 
213 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  44.19 
 
 
213 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  41.53 
 
 
275 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.05 
 
 
187 aa  129  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
240 aa  126  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  43.6 
 
 
209 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  44.69 
 
 
207 aa  124  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  44.64 
 
 
180 aa  125  9e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  44.51 
 
 
213 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  42.6 
 
 
213 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  42.6 
 
 
213 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  42.17 
 
 
235 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  42.17 
 
 
235 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  42.17 
 
 
235 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  42.17 
 
 
235 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  42.17 
 
 
235 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  42.17 
 
 
235 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  42.17 
 
 
235 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  39.52 
 
 
180 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  44.97 
 
 
208 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  41.57 
 
 
182 aa  113  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  35.4 
 
 
173 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.02 
 
 
199 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  36 
 
 
199 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.47 
 
 
212 aa  99.8  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 
214 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  35.88 
 
 
214 aa  99.4  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.46 
 
 
199 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.46 
 
 
199 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.29 
 
 
246 aa  99.4  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 
214 aa  99.4  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.96 
 
 
233 aa  99  7e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.46 
 
 
199 aa  98.6  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.8 
 
 
200 aa  97.1  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.18 
 
 
199 aa  96.3  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.82 
 
 
199 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.82 
 
 
199 aa  95.9  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.82 
 
 
199 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.82 
 
 
199 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.82 
 
 
199 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.82 
 
 
199 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.82 
 
 
199 aa  95.9  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.36 
 
 
198 aa  95.1  8e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.43 
 
 
199 aa  94.7  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.48 
 
 
199 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.83 
 
 
209 aa  94.7  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.48 
 
 
199 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
209 aa  94.7  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.85 
 
 
199 aa  94  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.88 
 
 
209 aa  94  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.35 
 
 
209 aa  92.8  5e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.29 
 
 
191 aa  92.4  5e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.94 
 
 
215 aa  92.8  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.54 
 
 
199 aa  92.4  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.54 
 
 
199 aa  92  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.54 
 
 
199 aa  92  7e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.54 
 
 
199 aa  92  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.54 
 
 
199 aa  92  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.54 
 
 
199 aa  92  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.54 
 
 
392 aa  92  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.54 
 
 
199 aa  92  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.35 
 
 
211 aa  92  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.91 
 
 
220 aa  91.3  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.98 
 
 
205 aa  91.3  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.98 
 
 
205 aa  91.3  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.95 
 
 
224 aa  91.3  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  38.46 
 
 
208 aa  90.9  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.46 
 
 
208 aa  90.9  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.58 
 
 
199 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.37 
 
 
192 aa  90.5  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  39.29 
 
 
187 aa  90.9  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.14 
 
 
209 aa  90.9  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.59 
 
 
237 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.59 
 
 
237 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.491366  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.59 
 
 
237 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0562007  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
199 aa  88.2  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.79 
 
 
208 aa  88.2  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.61 
 
 
211 aa  88.2  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.67 
 
 
191 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.03 
 
 
191 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.03 
 
 
191 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.03 
 
 
191 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.03 
 
 
191 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34.5 
 
 
204 aa  87.4  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.03 
 
 
191 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.95 
 
 
192 aa  86.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.39 
 
 
191 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
191 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.39 
 
 
191 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>