More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1785 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
213 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
213 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  89.3 
 
 
213 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  89.67 
 
 
211 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  89.67 
 
 
211 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  87.79 
 
 
213 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  83.57 
 
 
213 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  75.96 
 
 
240 aa  264  8e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  69.92 
 
 
235 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  69.92 
 
 
235 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  69.92 
 
 
235 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  69.92 
 
 
235 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  69.92 
 
 
235 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  69.92 
 
 
235 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  69.92 
 
 
235 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  63.44 
 
 
244 aa  229  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  59.62 
 
 
245 aa  228  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  55.66 
 
 
275 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  63.91 
 
 
209 aa  205  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  52.94 
 
 
205 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  53.23 
 
 
208 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  50.25 
 
 
207 aa  177  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
202 aa  141  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.28 
 
 
187 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 
180 aa  135  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.33 
 
 
247 aa  131  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.44 
 
 
250 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  41.92 
 
 
216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.21 
 
 
199 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  45.78 
 
 
180 aa  123  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  43.51 
 
 
182 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.72 
 
 
184 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  43.95 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  37.57 
 
 
240 aa  112  6e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.22 
 
 
209 aa  109  3e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.64 
 
 
209 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.85 
 
 
212 aa  108  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 
214 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.96 
 
 
199 aa  106  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  36.84 
 
 
214 aa  105  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 
214 aa  105  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  39.46 
 
 
187 aa  105  6e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
211 aa  104  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.66 
 
 
209 aa  104  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
246 aa  104  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.26 
 
 
233 aa  103  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  38.24 
 
 
204 aa  101  9e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.52 
 
 
223 aa  100  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
209 aa  99.8  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
204 aa  99  4e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2297  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.15 
 
 
215 aa  98.6  5e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18570  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  35.23 
 
 
217 aa  98.2  9e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108313  normal  0.853054 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 
209 aa  98.2  9e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  35.8 
 
 
216 aa  97.4  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  36.57 
 
 
295 aa  97.8  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  39.51 
 
 
200 aa  97.4  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
226 aa  96.7  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
209 aa  97.1  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7737  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.75 
 
 
255 aa  96.7  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19450  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  37.87 
 
 
239 aa  95.9  4e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.880507  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.43 
 
 
191 aa  95.5  5e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
201 aa  95.5  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.9 
 
 
173 aa  94.7  8e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1209  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.52 
 
 
270 aa  95.1  8e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.9 
 
 
173 aa  94.7  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.9 
 
 
173 aa  94.7  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.9 
 
 
173 aa  94.7  8e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.9 
 
 
173 aa  94.7  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.9 
 
 
173 aa  94.7  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.9 
 
 
173 aa  94.7  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.29 
 
 
224 aa  94.4  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.83 
 
 
268 aa  94.4  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.75 
 
 
219 aa  94.7  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.11 
 
 
263 aa  94  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
220 aa  94.4  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.22 
 
 
205 aa  94  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  32.67 
 
 
204 aa  94  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.92 
 
 
249 aa  94  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.39 
 
 
201 aa  93.6  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.05 
 
 
212 aa  93.2  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.9 
 
 
172 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.97 
 
 
270 aa  93.2  3e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  33.33 
 
 
217 aa  93.2  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.04 
 
 
199 aa  92.4  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.13 
 
 
215 aa  92.4  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.83 
 
 
256 aa  92.4  5e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13250  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.63 
 
 
255 aa  92  6e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.787212 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.23 
 
 
248 aa  92  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3786  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.8 
 
 
180 aa  91.3  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
237 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.491366  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.8 
 
 
172 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.448739  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.29 
 
 
173 aa  90.9  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
237 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.05 
 
 
201 aa  90.9  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
237 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0562007  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36 
 
 
201 aa  90.5  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.9 
 
 
216 aa  90.1  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.29 
 
 
172 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  37.2 
 
 
172 aa  89.7  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.09 
 
 
252 aa  89.7  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0439737  normal  0.0420679 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>