More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A1790 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
205 aa  414  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  60.23 
 
 
245 aa  218  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  59.09 
 
 
244 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  56.45 
 
 
275 aa  211  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  57.89 
 
 
207 aa  207  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  55.71 
 
 
209 aa  206  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  53.89 
 
 
213 aa  181  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  54.79 
 
 
211 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  54.79 
 
 
211 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  57.49 
 
 
213 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  59.12 
 
 
213 aa  175  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  55.38 
 
 
208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  56.33 
 
 
213 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  56.33 
 
 
213 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  53.7 
 
 
240 aa  164  8e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  55.56 
 
 
235 aa  162  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  55.56 
 
 
235 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  55.56 
 
 
235 aa  162  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  55.56 
 
 
235 aa  162  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  55.56 
 
 
235 aa  162  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  55.56 
 
 
235 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  55.56 
 
 
235 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.29 
 
 
187 aa  149  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  45.65 
 
 
180 aa  148  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.07 
 
 
202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  45.71 
 
 
180 aa  142  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.93 
 
 
199 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
250 aa  141  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.43 
 
 
247 aa  138  6e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.2 
 
 
184 aa  129  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  42.68 
 
 
182 aa  127  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  41.57 
 
 
216 aa  127  9.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  40.24 
 
 
173 aa  123  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.41 
 
 
212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.82 
 
 
214 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  36.79 
 
 
214 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.82 
 
 
214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  36 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.5 
 
 
211 aa  111  8.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.87 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.09 
 
 
209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.05 
 
 
209 aa  108  4.0000000000000004e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.63 
 
 
209 aa  108  5e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.9 
 
 
233 aa  108  6e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.52 
 
 
220 aa  107  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.37 
 
 
209 aa  107  1e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.79 
 
 
209 aa  107  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  36 
 
 
201 aa  105  6e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.89 
 
 
191 aa  104  7e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.93 
 
 
204 aa  102  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 
206 aa  97.8  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.15 
 
 
219 aa  94.7  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  35.67 
 
 
204 aa  94  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
195 aa  94.4  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  37.89 
 
 
187 aa  94  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 
209 aa  92.4  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.92 
 
 
192 aa  92.4  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  33.92 
 
 
217 aa  92.4  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.68 
 
 
212 aa  92  6e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.46 
 
 
190 aa  91.7  7e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.94 
 
 
200 aa  91.7  7e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  32.95 
 
 
216 aa  91.7  8e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2297  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.32 
 
 
215 aa  91.7  8e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  32.95 
 
 
295 aa  91.3  9e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.02 
 
 
263 aa  90.9  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  31.43 
 
 
204 aa  89.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.75 
 
 
215 aa  89.7  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.2 
 
 
200 aa  89.7  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18570  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  33.14 
 
 
217 aa  89  4e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108313  normal  0.853054 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.35 
 
 
249 aa  88.6  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.43 
 
 
268 aa  88.6  6e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  33.91 
 
 
240 aa  88.2  7e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.21 
 
 
226 aa  87.4  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5003  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.08 
 
 
209 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.43 
 
 
256 aa  87  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  37.06 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.06 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  37.06 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.06 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.94 
 
 
200 aa  85.5  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.06 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.1 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.06 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.06 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.06 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.88 
 
 
185 aa  85.9  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13250  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.43 
 
 
255 aa  85.5  5e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.787212 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0222  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 
262 aa  85.5  5e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00279888  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.01 
 
 
220 aa  85.1  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
191 aa  84.7  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
191 aa  84.7  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
191 aa  84.7  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
191 aa  84.7  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.15 
 
 
201 aa  84.7  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
191 aa  84.7  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3675  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.67 
 
 
226 aa  84.7  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000239341 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1212  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.55 
 
 
257 aa  84.3  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.078005 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.08 
 
 
180 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
191 aa  84.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  36.14 
 
 
241 aa  83.6  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>