More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_1421 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
180 aa  357  4e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  72.41 
 
 
180 aa  249  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  45.71 
 
 
205 aa  142  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  47.37 
 
 
244 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  45.45 
 
 
173 aa  136  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  49.42 
 
 
208 aa  136  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  47.02 
 
 
209 aa  136  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  47.06 
 
 
245 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.94 
 
 
199 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.15 
 
 
202 aa  132  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  44.97 
 
 
213 aa  132  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  45.56 
 
 
211 aa  132  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  45.56 
 
 
211 aa  132  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  45.56 
 
 
213 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.03 
 
 
250 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  45.88 
 
 
275 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 
213 aa  125  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  45.16 
 
 
213 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  45.16 
 
 
213 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  44.85 
 
 
240 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
184 aa  123  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
235 aa  120  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
235 aa  120  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
235 aa  120  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
235 aa  120  8e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
235 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
235 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  45.51 
 
 
235 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  43.71 
 
 
207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.52 
 
 
247 aa  119  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  41.46 
 
 
216 aa  110  8.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.94 
 
 
187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  41.94 
 
 
182 aa  108  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  40.49 
 
 
187 aa  103  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.29 
 
 
212 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.16 
 
 
214 aa  101  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.16 
 
 
214 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  36.16 
 
 
214 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.01 
 
 
191 aa  100  1e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07700  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  39.89 
 
 
238 aa  99.4  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.044969  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.06 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.67 
 
 
219 aa  96.7  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  38.24 
 
 
200 aa  95.9  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.23 
 
 
212 aa  96.7  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.57 
 
 
220 aa  95.9  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.9 
 
 
209 aa  95.5  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  40.68 
 
 
204 aa  95.9  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.79 
 
 
223 aa  95.1  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  36.31 
 
 
204 aa  94.4  7e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.46 
 
 
201 aa  94.7  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.87 
 
 
249 aa  94  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.35 
 
 
198 aa  93.2  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1640  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.06 
 
 
221 aa  93.2  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.651448  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.14 
 
 
246 aa  92.8  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
268 aa  92.4  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.85 
 
 
201 aa  92.4  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.18 
 
 
195 aa  91.7  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.06 
 
 
204 aa  91.3  6e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.79 
 
 
223 aa  91.3  6e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.63 
 
 
201 aa  91.3  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  37.57 
 
 
216 aa  91.3  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.86 
 
 
192 aa  90.1  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.41 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.13 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.88 
 
 
218 aa  89.7  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.64 
 
 
200 aa  89.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  36.69 
 
 
240 aa  89.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.65 
 
 
193 aa  89.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35 
 
 
189 aa  88.6  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  32.52 
 
 
204 aa  88.2  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2795  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.41 
 
 
209 aa  87.8  7e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.365192  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.65 
 
 
199 aa  87.8  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.22 
 
 
232 aa  87.8  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.65 
 
 
199 aa  87.8  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2384  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.23 
 
 
280 aa  87  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.84 
 
 
237 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.491366  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.84 
 
 
237 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3675  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.12 
 
 
226 aa  87.4  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000239341 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.84 
 
 
237 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0562007  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0867  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.06 
 
 
198 aa  87.4  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.39 
 
 
248 aa  86.7  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.84 
 
 
199 aa  87  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.06 
 
 
199 aa  86.7  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.9 
 
 
199 aa  86.7  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.09 
 
 
256 aa  86.3  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.09 
 
 
201 aa  86.3  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18570  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  38.76 
 
 
217 aa  86.3  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108313  normal  0.853054 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  34.44 
 
 
217 aa  86.7  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2515  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.41 
 
 
204 aa  86.3  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000238354 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.67 
 
 
263 aa  86.7  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.63 
 
 
226 aa  85.9  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.02 
 
 
201 aa  85.9  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2651  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.09 
 
 
260 aa  85.9  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000224332  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.84 
 
 
199 aa  85.5  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.84 
 
 
199 aa  85.5  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  37.04 
 
 
295 aa  85.5  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.84 
 
 
199 aa  85.5  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.84 
 
 
199 aa  85.5  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.4 
 
 
220 aa  85.5  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.84 
 
 
199 aa  85.5  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>