More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_6203 on replicon NC_008062
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
211 aa  417  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
211 aa  417  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  98.12 
 
 
213 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  94.84 
 
 
213 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  89.67 
 
 
213 aa  352  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  89.67 
 
 
213 aa  352  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  87.79 
 
 
213 aa  337  9e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  66.8 
 
 
240 aa  271  7e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  72.03 
 
 
235 aa  270  1e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  72.03 
 
 
235 aa  270  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  72.03 
 
 
235 aa  270  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  71.19 
 
 
235 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  71.19 
 
 
235 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  71.19 
 
 
235 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  71.19 
 
 
235 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  56.58 
 
 
244 aa  231  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  62.56 
 
 
245 aa  228  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  57.87 
 
 
275 aa  209  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  55.39 
 
 
209 aa  194  7e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  54.95 
 
 
208 aa  184  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  53.65 
 
 
207 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  54.79 
 
 
205 aa  180  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.06 
 
 
250 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.77 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.46 
 
 
202 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  45.56 
 
 
180 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.45 
 
 
187 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  48.8 
 
 
180 aa  131  6e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.2 
 
 
199 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  40.46 
 
 
216 aa  124  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.7 
 
 
184 aa  122  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
182 aa  119  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  43.95 
 
 
173 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.37 
 
 
212 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
246 aa  106  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.91 
 
 
214 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  35.91 
 
 
214 aa  105  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
199 aa  105  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.21 
 
 
209 aa  105  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
233 aa  105  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.91 
 
 
214 aa  105  5e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  40.11 
 
 
187 aa  104  9e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
209 aa  103  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.27 
 
 
220 aa  100  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2297  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.56 
 
 
215 aa  100  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34.41 
 
 
240 aa  99.4  3e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.15 
 
 
209 aa  99  4e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
211 aa  99.4  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.73 
 
 
209 aa  98.2  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18570  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  34.18 
 
 
217 aa  96.3  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108313  normal  0.853054 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.71 
 
 
223 aa  96.3  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.79 
 
 
204 aa  95.9  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.9 
 
 
209 aa  94.7  8e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  35.96 
 
 
295 aa  94.4  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  37.65 
 
 
204 aa  94.4  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.86 
 
 
226 aa  93.6  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.38 
 
 
209 aa  93.2  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.46 
 
 
201 aa  92.8  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36 
 
 
191 aa  92.4  4e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1209  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33 
 
 
270 aa  92  5e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
173 aa  91.7  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.83 
 
 
219 aa  91.7  8e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.9 
 
 
216 aa  91.3  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.01 
 
 
173 aa  90.9  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  37.2 
 
 
200 aa  90.9  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.88 
 
 
205 aa  91.3  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.9 
 
 
201 aa  90.9  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.2 
 
 
201 aa  90.9  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.17 
 
 
249 aa  89.7  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  32.5 
 
 
204 aa  90.5  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  33.7 
 
 
216 aa  90.1  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
199 aa  89.4  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.57 
 
 
256 aa  89.4  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2156  sigma-24 (FecI-like)  32.93 
 
 
192 aa  89.4  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.84 
 
 
195 aa  89.4  4e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.67 
 
 
263 aa  89.4  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.84 
 
 
212 aa  89.4  4e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  31.32 
 
 
217 aa  89  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32 
 
 
268 aa  88.6  6e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0727  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.17 
 
 
171 aa  88.6  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0906703  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2534  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.39 
 
 
171 aa  88.2  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.389913  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.88 
 
 
171 aa  88.2  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.19061  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7737  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.71 
 
 
255 aa  88.2  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.09 
 
 
201 aa  87.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.15 
 
 
206 aa  87.4  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0744  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.58 
 
 
171 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0148905 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07700  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  33.85 
 
 
238 aa  87  2e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.044969  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19450  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  36.26 
 
 
239 aa  87.4  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.880507  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.18 
 
 
270 aa  87  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.58 
 
 
240 aa  87  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.34 
 
 
172 aa  86.7  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  38.41 
 
 
257 aa  87  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.32 
 
 
224 aa  87  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2957  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.88 
 
 
162 aa  86.7  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.013292  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0854  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.29 
 
 
171 aa  86.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.09 
 
 
200 aa  86.7  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.34 
 
 
223 aa  86.7  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2983  RNA polymerase sigma-E factor (sigma-24) transcription regulator protein  40.24 
 
 
177 aa  86.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.28 
 
 
215 aa  86.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
248 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.667573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>