279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3056 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
694 aa  1373    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0862  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.04 
 
 
580 aa  191  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3576  hemolysin-type calcium-binding region  36.29 
 
 
547 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.996068  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02537  pectate lyase (Eurofung)  34.03 
 
 
410 aa  177  7e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2528  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.17 
 
 
654 aa  176  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.97811  normal  0.381441 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5684  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.5 
 
 
642 aa  168  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.354384  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2390  hypothetical protein  31.51 
 
 
489 aa  146  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.520688  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2305  pectate lyase  28.35 
 
 
439 aa  117  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.708632  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1528  Parallel beta-helix repeat protein  30.33 
 
 
425 aa  115  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2045  pectate lyase  28.97 
 
 
437 aa  111  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1855  Pectate disaccharide-lyase  29.27 
 
 
653 aa  107  5e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1931  Pectate lyase  30.17 
 
 
458 aa  107  9e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.24321  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1773  pectate lyase  28.68 
 
 
437 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1887  hypothetical protein  28.73 
 
 
426 aa  102  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0852  pectate lyase  31.14 
 
 
415 aa  101  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0125727 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3575  pectate lyase L precursor  29.08 
 
 
491 aa  99.4  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  31.52 
 
 
1409 aa  98.2  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4828  Ricin B lectin  30.06 
 
 
576 aa  97.4  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  29.6 
 
 
540 aa  97.4  9e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26480  hypothetical protein  30.58 
 
 
907 aa  95.5  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178741  normal  0.268207 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  29.13 
 
 
750 aa  93.2  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2204  pectate lyase  27.32 
 
 
439 aa  92.4  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.748809  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000914  putative exopolygalacturonate lyase  30.74 
 
 
742 aa  90.1  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3869  fibronectin type III domain-containing protein  28.43 
 
 
1431 aa  89  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.849627  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2946  hypothetical protein  27.86 
 
 
733 aa  87.8  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000153655  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  29.52 
 
 
922 aa  84.3  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2919  hypothetical protein  28.39 
 
 
338 aa  82.4  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000462284  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4259  exopolygalacturonate lyase  26.96 
 
 
744 aa  79.7  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1888  hypothetical protein  29.47 
 
 
616 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4196  exopolygalacturonate lyase  27.22 
 
 
734 aa  77.8  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4562  exopolygalacturonate lyase  26.79 
 
 
744 aa  76.6  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4134  Pectate disaccharide-lyase  28.67 
 
 
700 aa  68.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275523  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3996  exopolygalacturonate lyase  25.52 
 
 
734 aa  67.4  0.0000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23320  RNA polymerase sigma factor SigX  31.55 
 
 
188 aa  63.9  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.853625  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  25.41 
 
 
174 aa  63.9  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3530  RNA polymerase sigma factor SigX  32.14 
 
 
196 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0988658  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2298  RNA polymerase sigma factor-70 sigW, putative  32.14 
 
 
165 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000852956  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41575  RNA polymerase sigma factor SigX  32.14 
 
 
196 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000797839  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2096  RNA polymerase sigma factor SigX  32.14 
 
 
196 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000133692  hitchhiker  0.00397528 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2091  RNA polymerase sigma factor SigX  32.14 
 
 
196 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0133508  normal  0.223352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1776  RNA polymerase sigma factor SigX  31.55 
 
 
196 aa  61.2  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00376344  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5243  RNA polymerase sigma factor  32.32 
 
 
192 aa  60.5  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5021  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.62 
 
 
186 aa  60.5  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434276  normal  0.047742 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2088  RNA polymerase sigma factor SigX  30.36 
 
 
196 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.176045  normal  0.0352187 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1606  RNA polymerase sigma factor SigX  30.36 
 
 
188 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000172032  decreased coverage  0.000000000126876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1599  RNA polymerase sigma factor SigX  30.36 
 
 
188 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000868927  decreased coverage  0.00213094 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2600  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  25.13 
 
 
215 aa  60.1  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3652  RNA polymerase sigma factor SigX  30.36 
 
 
188 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00182973  normal  0.843526 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4505  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.35 
 
 
174 aa  59.7  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.14647  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3887  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.78 
 
 
187 aa  59.3  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.526394  normal  0.0354938 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0099  hypothetical protein  31.34 
 
 
520 aa  58.9  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.09 
 
 
192 aa  58.9  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6420  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.14 
 
 
174 aa  58.2  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.562422 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0962  RNA polymerase sigma factor SigX  33.33 
 
 
177 aa  58.2  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.973383  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2850  hypothetical protein  27.1 
 
 
665 aa  57.4  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.1 
 
 
182 aa  57  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.52 
 
 
208 aa  57  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  26.4 
 
 
192 aa  56.6  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.22 
 
 
186 aa  56.6  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0947  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
240 aa  57.4  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.941879  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.53 
 
 
192 aa  57  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1629  sigma-24 (FecI)  34.65 
 
 
186 aa  55.8  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.322844  normal  0.140868 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.11 
 
 
199 aa  56.2  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  29.03 
 
 
190 aa  56.2  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.97 
 
 
192 aa  56.2  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4530  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.68 
 
 
224 aa  55.8  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4370  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.1 
 
 
218 aa  55.8  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.338054  normal  0.0299236 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.02 
 
 
177 aa  55.5  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4381  RNA polymerase sigma factor  39.6 
 
 
250 aa  55.1  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.566975 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.4 
 
 
192 aa  54.7  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1379  RNA polymerase sigma factor  34.69 
 
 
222 aa  54.7  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12669  normal  0.0781006 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1647  sigma-24 (FecI-like)  33.67 
 
 
541 aa  54.7  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  31.58 
 
 
219 aa  54.7  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.96 
 
 
192 aa  54.7  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4090  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.89 
 
 
204 aa  54.3  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.210089  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.82 
 
 
193 aa  53.9  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0024  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.83 
 
 
224 aa  53.9  0.000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.471332  hitchhiker  0.00220906 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0316  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.72 
 
 
212 aa  53.9  0.000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
192 aa  53.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  30.97 
 
 
214 aa  53.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.45 
 
 
219 aa  53.5  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.38 
 
 
194 aa  53.5  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3889  RNA polymerase sigma factor  34.01 
 
 
225 aa  53.5  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.55 
 
 
189 aa  53.9  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3266  RNA polymerase factor sigma-70  40 
 
 
337 aa  53.5  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0791404 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.92 
 
 
192 aa  53.1  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.36 
 
 
209 aa  52.8  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1849  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.03 
 
 
536 aa  53.1  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.390874  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3917  RNA polymerase sigma factor  34.44 
 
 
250 aa  52.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4479  RNA polymerase sigma factor  34.01 
 
 
264 aa  52.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0233  putative outer membrane protein  37.97 
 
 
638 aa  53.1  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.317467  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
208 aa  52.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0377952 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  40.98 
 
 
226 aa  52.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.37 
 
 
220 aa  52.8  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.78 
 
 
192 aa  52.4  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7979  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.46 
 
 
173 aa  52.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.262256  normal  0.180906 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5824  RNA polymerase sigma factor  34.01 
 
 
264 aa  52.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417668  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  30.19 
 
 
237 aa  51.6  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0371  hypothetical protein  29.87 
 
 
480 aa  52  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 
195 aa  51.6  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>