More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002854 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_002854  RNA polymerase sigma-70 factor ECF subfamily  100 
 
 
168 aa  346  1e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03122  RNA polymerase sigma factor  97.62 
 
 
197 aa  343  8.999999999999999e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0563  RNA polymerase sigma factor  84.52 
 
 
188 aa  294  5e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1400  RNA polymerase sigma factor  65.29 
 
 
187 aa  230  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.255306  hitchhiker  0.00000139495 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1465  RNA polymerase sigma factor  64.12 
 
 
187 aa  228  4e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291082  hitchhiker  0.00185195 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1453  RNA polymerase sigma factor  63.53 
 
 
187 aa  227  7e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000486459 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2433  RNA polymerase sigma factor  66.47 
 
 
187 aa  226  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0111357 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3165  RNA polymerase sigma factor  65.29 
 
 
171 aa  225  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00342065  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2684  RNA polymerase sigma factor  64.71 
 
 
187 aa  224  4e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0327308  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1522  RNA polymerase sigma factor  64.12 
 
 
187 aa  223  7e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3096  RNA polymerase sigma factor  61.76 
 
 
187 aa  223  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2175  RNA polymerase sigma factor  65.29 
 
 
187 aa  222  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.235427  normal  0.0685717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02709  RNA polymerase sigma factor  65.5 
 
 
185 aa  221  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1621  RNA polymerase sigma factor  62.94 
 
 
187 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0123754  hitchhiker  0.00000300088 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2788  RNA polymerase sigma factor  61.76 
 
 
189 aa  220  6e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00167883  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2768  RNA polymerase sigma factor  61.76 
 
 
187 aa  220  7e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0121826  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2863  RNA polymerase sigma factor  61.76 
 
 
187 aa  220  7e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.416689 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1590  RNA polymerase sigma factor  61.76 
 
 
187 aa  220  7e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000165797  unclonable  0.00000000000274518 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2467  RNA polymerase sigma factor  62.07 
 
 
187 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39138  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3034  RNA polymerase sigma factor  62.35 
 
 
191 aa  218  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00396437  normal  0.0353116 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2606  RNA polymerase sigma factor  62.94 
 
 
187 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.167872  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1656  RNA polymerase sigma factor  62.13 
 
 
185 aa  204  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.104022  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0946  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 
188 aa  199  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.49056 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001038  RNA polymerase sigma-70 factor ECF subfamily  57.14 
 
 
161 aa  181  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1771  RNA polymerase sigma factor  55.92 
 
 
174 aa  166  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2303  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 
186 aa  91.3  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.0518499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0562  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 
187 aa  80.5  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0037  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.37 
 
 
190 aa  79.7  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.357232  normal  0.115121 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2365  sigma-24 (FecI-like)  31.76 
 
 
188 aa  78.6  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000514785  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1647  sigma-24 (FecI-like)  34.29 
 
 
541 aa  78.2  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.95 
 
 
191 aa  77  0.0000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  30.57 
 
 
189 aa  77  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  34.25 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
201 aa  76.6  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.98 
 
 
288 aa  75.5  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1836  sigma-24 (FecI)  30.57 
 
 
191 aa  75.5  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  29.3 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.98 
 
 
292 aa  75.5  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.92 
 
 
171 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  27.98 
 
 
285 aa  75.5  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.78 
 
 
209 aa  75.5  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  30.39 
 
 
211 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  30.39 
 
 
211 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  35.92 
 
 
171 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0118305  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0294  ECF sigma factor PrtI  35.92 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000544982  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  35.92 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  35.84 
 
 
208 aa  74.7  0.0000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  32.41 
 
 
203 aa  74.7  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  31.06 
 
 
230 aa  74.7  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  29.3 
 
 
189 aa  74.3  0.0000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.46 
 
 
199 aa  74.3  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
201 aa  73.9  0.0000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  31.87 
 
 
187 aa  73.9  0.0000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0093  RNA polymerase sigma factor  28.95 
 
 
203 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  30.34 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  32.95 
 
 
213 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.11 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1025  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.45 
 
 
168 aa  73.2  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000320969  normal  0.488495 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
202 aa  72.4  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.523408  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2156  sigma-24 (FecI-like)  29.63 
 
 
192 aa  72.4  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 
241 aa  72.4  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.13 
 
 
209 aa  72  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3197  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
173 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000871623  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0095  sigma-24 (FecI-like)  32.26 
 
 
186 aa  71.6  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
204 aa  72  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  31.08 
 
 
203 aa  71.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.58 
 
 
209 aa  72  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 
244 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  28.03 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5412  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 
248 aa  71.6  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 
239 aa  71.6  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  30.92 
 
 
180 aa  71.6  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.91 
 
 
185 aa  71.2  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  32.7 
 
 
275 aa  71.2  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.69 
 
 
248 aa  71.2  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  33.54 
 
 
187 aa  71.2  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 
248 aa  70.9  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
211 aa  70.9  0.000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.725237  normal  0.366803 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.94 
 
 
209 aa  70.5  0.000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  28.97 
 
 
203 aa  70.9  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0008  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
172 aa  70.9  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  29.38 
 
 
213 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
233 aa  70.5  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  31.49 
 
 
240 aa  70.5  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.82 
 
 
216 aa  70.1  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0060  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
173 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00630554  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.16 
 
 
246 aa  70.1  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0032  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.68 
 
 
173 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00832626  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0011  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
173 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0275679  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2983  RNA polymerase sigma-E factor (sigma-24) transcription regulator protein  32.08 
 
 
177 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
180 aa  69.3  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.92 
 
 
195 aa  69.3  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 
177 aa  69.3  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  30.46 
 
 
202 aa  69.7  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
205 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
205 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.24 
 
 
187 aa  69.7  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.75 
 
 
195 aa  69.7  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0163873 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>