81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1702 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1702  sigma-70 region 2 domain-containing protein  100 
 
 		 466 aa  899    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0293007  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0803  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.14 
 
 		 831 aa  294  2e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6377  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.06 
 
 		 892 aa  280  4e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4612  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.82 
 
 		 943 aa  263  6e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0211251  normal  0.677149 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4220  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.39 
 
 		 2330 aa  253  7e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.184212 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0480  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.82 
 
 		 1321 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06010  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  40.78 
 
 		 828 aa  228  2e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.224192 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.64 
 
 		 531 aa  222  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158878 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0206  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.93 
 
 		 1441 aa  219  6e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0182  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  45.56 
 
 		 825 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0395  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.3 
 
 		 801 aa  198  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34250  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  40.25 
 
 		 850 aa  160  3e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.137913 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.59 
 
 		 489 aa  150  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0296  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.42 
 
 		 512 aa  145  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166156  normal  0.0803508 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00830  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  40.87 
 
 		 470 aa  139  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5166  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 		 505 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0248944 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08330  hypothetical protein  29.18 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0824478 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33310  hypothetical protein  27.38 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2753  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000532902  normal  0.0202678 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1551  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.14 
 
 		 532 aa  57  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.357255  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5221  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.94 
 
 		 529 aa  57  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2537  RNA polymerase sigma factor  30.11 
 
 		 193 aa  55.1  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.574264  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.98 
 
 		 219 aa  54.3  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.7 
 
 		 192 aa  53.9  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  25.86 
 
 		 200 aa  53.9  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.46 
 
 		 189 aa  52.8  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  27.27 
 
 		 190 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.61 
 
 		 218 aa  51.2  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1567  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.89 
 
 		 211 aa  50.8  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  25.71 
 
 		 183 aa  49.7  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 		 202 aa  49.7  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.523408  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0105  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit sigma24-like protein  31.87 
 
 		 242 aa  49.3  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00328358  normal  0.102499 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4499  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.13 
 
 		 196 aa  50.1  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.878271  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.51 
 
 		 197 aa  49.7  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 		 181 aa  49.3  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  27.01 
 
 		 201 aa  48.5  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06010  hypothetical protein  29.1 
 
 		 221 aa  48.5  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.633262  normal  0.250424 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.61 
 
 		 178 aa  49.3  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  30.98 
 
 		 249 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5417  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.84 
 
 		 192 aa  47.8  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0489  sigma-70 region 2 domain-containing protein  31.55 
 
 		 266 aa  47.4  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4850  RNA polymerase sigma factor  22.4 
 
 		 221 aa  47.4  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662783  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.12 
 
 		 195 aa  47  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.96 
 
 		 189 aa  47  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2423  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.49 
 
 		 194 aa  46.6  0.0008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2928  sigma-24 (FecI-like)  30.73 
 
 		 187 aa  46.2  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.909502  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.34 
 
 		 187 aa  46.6  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000626637 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.73 
 
 		 205 aa  45.4  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.81 
 
 		 188 aa  45.8  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1632  large adhesin  29.25 
 
 		 2914 aa  45.8  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2697  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.2 
 
 		 211 aa  45.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.73 
 
 		 205 aa  45.4  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0546  RNA polymerase sigma factor  28.16 
 
 		 215 aa  45.4  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0948  RNA polymerase sigma-70 factor  27.51 
 
 		 189 aa  44.7  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.799329  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  27.37 
 
 		 223 aa  44.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6433  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.81 
 
 		 212 aa  44.7  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.522555 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3521  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.14 
 
 		 183 aa  45.1  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.351274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5692  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.04 
 
 		 266 aa  44.7  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4597  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.14 
 
 		 183 aa  45.1  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 		 239 aa  44.7  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.403353  normal  0.121928 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.73 
 
 		 235 aa  44.7  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1195  RNA polymerase sigma-24 factor  24.26 
 
 		 208 aa  44.7  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.336736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4279  RNA polymerase sigma factor  28.8 
 
 		 239 aa  44.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.43 
 
 		 195 aa  44.7  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000268156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.11 
 
 		 192 aa  44.3  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1505  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.63 
 
 		 185 aa  44.3  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00989017  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3339  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 		 172 aa  44.3  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0556207  normal  0.502659 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2382  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.5 
 
 		 207 aa  43.9  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.48 
 
 		 182 aa  43.9  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.97 
 
 		 194 aa  43.9  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 		 172 aa  43.9  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0679  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.24 
 
 		 178 aa  43.5  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46569  predicted protein  50 
 
 		 818 aa  43.5  0.007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.61135  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3158  RNA polymerase sigma factor  24.44 
 
 		 233 aa  43.5  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148477  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  28.9 
 
 		 196 aa  43.5  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.88 
 
 		 216 aa  43.5  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4131  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.9 
 
 		 207 aa  43.5  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00797999 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0584  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.88 
 
 		 190 aa  43.5  0.008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.37 
 
 		 179 aa  43.5  0.009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.18 
 
 		 205 aa  43.5  0.009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  27.84 
 
 		 225 aa  43.1  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>