More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_3928 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3928  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
211 aa  417  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.9635 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1370  RNA polymerase sigma factor  75.4 
 
 
192 aa  274  8e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  80.98 
 
 
187 aa  272  3e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  80.98 
 
 
187 aa  272  3e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4484  RNA polymerase sigma factor  67.89 
 
 
193 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76377  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4552  RNA polymerase sigma factor  74.36 
 
 
193 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513735  decreased coverage  0.00114083 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  54.04 
 
 
179 aa  168  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  53.42 
 
 
179 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3822  RNA polymerase sigma factor  56.86 
 
 
176 aa  162  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3095  RNA polymerase sigma factor  56.86 
 
 
176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.1452  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3671  RNA polymerase sigma factor  54.43 
 
 
177 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568526  normal  0.645134 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3972  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.23 
 
 
175 aa  132  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal  0.300179 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.75 
 
 
172 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.448739  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  43.75 
 
 
172 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6218  ECF family sigma factor  49.64 
 
 
199 aa  119  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.086452  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.86 
 
 
167 aa  118  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.274442  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.16 
 
 
173 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  39.62 
 
 
183 aa  115  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.94 
 
 
181 aa  114  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.71 
 
 
173 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.71 
 
 
173 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.71 
 
 
173 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.71 
 
 
173 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.71 
 
 
173 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.71 
 
 
173 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2820  RNA polymerase sigma factor  42.47 
 
 
197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.71 
 
 
173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2802  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.75 
 
 
173 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2548  sigma-24 (FecI-like)  40.11 
 
 
183 aa  112  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339201  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.62 
 
 
198 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2888  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.75 
 
 
173 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00695111  normal  0.770379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  40.36 
 
 
181 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  41.29 
 
 
176 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.29 
 
 
172 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  39.05 
 
 
202 aa  111  9e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.2 
 
 
181 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1254  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.44 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.94 
 
 
176 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47725  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  40.36 
 
 
181 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.88 
 
 
240 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  44.3 
 
 
166 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2391  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.1 
 
 
173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3666  sigma-24 (FecI)  42.28 
 
 
168 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000713997  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  38.38 
 
 
181 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  40.36 
 
 
181 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  39.76 
 
 
180 aa  109  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  39.76 
 
 
182 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
172 aa  109  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.1 
 
 
173 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.247162  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3287  sigma-24 (FecI)  39.77 
 
 
278 aa  108  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1654  sigma-24 (FecI)  45.83 
 
 
165 aa  107  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000018155  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.78 
 
 
240 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.59 
 
 
172 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0163873 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0016  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.95 
 
 
172 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000257028  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
187 aa  106  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  39.33 
 
 
182 aa  106  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0008  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.95 
 
 
172 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2467  ECF family RNA polymerase sigma factor  46.36 
 
 
162 aa  106  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
171 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0118305  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.36 
 
 
224 aa  105  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.67 
 
 
181 aa  105  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
171 aa  105  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0294  ECF sigma factor PrtI  43.75 
 
 
171 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000544982  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  38.22 
 
 
185 aa  105  7e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
171 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.48 
 
 
179 aa  104  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.891873  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.19 
 
 
190 aa  104  8e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0458  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  41.61 
 
 
226 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.6635 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3197  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.05 
 
 
173 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000871623  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2755  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.31 
 
 
171 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3118  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.31 
 
 
234 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  38.93 
 
 
190 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  38.93 
 
 
190 aa  103  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1362  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.91 
 
 
253 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00683683 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2662  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.07 
 
 
168 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396888 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.07 
 
 
168 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.204704  normal  0.0212517 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3163  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.91 
 
 
182 aa  102  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0261464  normal  0.157663 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0032  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.38 
 
 
173 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00832626  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.87 
 
 
171 aa  102  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472204 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.02 
 
 
250 aa  102  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.35 
 
 
243 aa  102  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  36.54 
 
 
190 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1057  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.27 
 
 
226 aa  101  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.29 
 
 
166 aa  102  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5928  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.95 
 
 
263 aa  101  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0060  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.72 
 
 
173 aa  101  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00630554  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0011  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.72 
 
 
173 aa  101  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0275679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0746  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.67 
 
 
237 aa  101  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  35.88 
 
 
271 aa  101  8e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.77 
 
 
244 aa  101  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2534  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.91 
 
 
171 aa  101  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.389913  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.76 
 
 
246 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6484  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.82 
 
 
182 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.743744  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  35.47 
 
 
240 aa  100  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2753  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.07 
 
 
168 aa  100  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.489179  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0228  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  39.66 
 
 
173 aa  100  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.82 
 
 
182 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.345458 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  36.31 
 
 
188 aa  100  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.51 
 
 
185 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.33 
 
 
163 aa  100  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>