More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1429 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_1429  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 497 aa  1017    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.322628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0018  radical SAM domain-containing protein  38.16 
 
 		 497 aa  339  7e-92  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1853  radical SAM domain-containing protein  32.7 
 
 		 548 aa  249  1e-64  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1133  Radical SAM domain protein  33.04 
 
 		 531 aa  234  3e-60  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0197015  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1953  radical SAM domain-containing protein  33.11 
 
 		 503 aa  234  3e-60  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1228  radical SAM domain-containing protein  31.99 
 
 		 515 aa  225  1e-57  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.641175  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1457  Radical SAM domain protein  28.37 
 
 		 528 aa  223  9e-57  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0781401  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1667  Radical SAM domain protein  31.28 
 
 		 503 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.26969  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1284  radical SAM domain-containing protein  29.61 
 
 		 530 aa  221  1.9999999999999999e-56  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1317  radical SAM domain-containing protein  31.26 
 
 		 546 aa  213  4.9999999999999996e-54  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.484061 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1955  radical SAM domain-containing protein  31.27 
 
 		 531 aa  213  5.999999999999999e-54  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.684281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2313  radical SAM domain-containing protein  31.14 
 
 		 532 aa  212  1e-53  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.356702  hitchhiker  0.00154549 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2083  radical SAM domain-containing protein  31.43 
 
 		 530 aa  212  2e-53  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0711  radical SAM domain-containing protein  30.94 
 
 		 531 aa  211  2e-53  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.826726  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0336  radical SAM domain-containing protein  28.98 
 
 		 526 aa  208  2e-52  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0065  Radical SAM domain protein  29.4 
 
 		 524 aa  197  5.000000000000001e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.109928  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1388  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 		 574 aa  183  5.0000000000000004e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0681  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 		 502 aa  177  3e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  unclonable  0.0000702668  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0750  Radical SAM domain protein  26.78 
 
 		 405 aa  76.6  0.0000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0931  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 369 aa  71.2  0.00000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.297129  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  25.54 
 
 		 430 aa  69.7  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1435  RNA modification protein  24.85 
 
 		 437 aa  66.2  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  24.82 
 
 		 430 aa  65.5  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1049  radical SAM domain-containing protein  23.79 
 
 		 398 aa  64.3  0.000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1044  radical SAM domain-containing protein  24.59 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.877972 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0391  radical SAM domain-containing protein  28.41 
 
 		 435 aa  63.9  0.000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0686  radical SAM domain-containing protein  25.18 
 
 		 378 aa  63.5  0.000000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1323  Radical SAM domain protein  24.66 
 
 		 360 aa  63.2  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1034  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.851598  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1610  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  24.89 
 
 		 471 aa  61.2  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.34792  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1169  radical SAM family protein  25.1 
 
 		 372 aa  60.8  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.198127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0902  radical SAM domain-containing protein  25.1 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.981157  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  22.88 
 
 		 484 aa  59.7  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1633  radical SAM domain-containing protein  24.59 
 
 		 369 aa  59.3  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.806615  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1202  radical SAM domain-containing protein  26.04 
 
 		 412 aa  58.5  0.0000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  27.14 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2198  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.92 
 
 		 446 aa  58.2  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.972973  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0237  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  24.41 
 
 		 447 aa  57.4  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  22.43 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1443  radical SAM domain-containing protein  25.71 
 
 		 410 aa  57  0.0000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.664587  normal  0.058788 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  24.4 
 
 		 442 aa  56.2  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1890  radical SAM domain-containing protein  23.94 
 
 		 398 aa  56.6  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1062  radical SAM domain-containing protein  24.63 
 
 		 372 aa  55.8  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0040  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  24.87 
 
 		 472 aa  55.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000523218 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1469  radical SAM family Fe-S protein  24.14 
 
 		 368 aa  55.8  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0375  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  25.82 
 
 		 485 aa  55.8  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  27.27 
 
 		 444 aa  55.1  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1793  RNA modification enzyme, MiaB family  25.12 
 
 		 503 aa  55.1  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.513666  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1123  RNA modification enzyme, MiaB family  26.32 
 
 		 433 aa  55.1  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.58425  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0614  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  20.96 
 
 		 486 aa  54.7  0.000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.65 
 
 		 445 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0770  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  26.89 
 
 		 457 aa  54.7  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.579434 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2210  MiaB-like tRNA modifying enzyme  24.89 
 
 		 434 aa  54.7  0.000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.277896 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  26.37 
 
 		 431 aa  54.7  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0720  Fe-S oxidoreductase  23.08 
 
 		 377 aa  54.3  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0801  hypothetical protein  36.17 
 
 		 366 aa  54.3  0.000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  25.48 
 
 		 440 aa  54.3  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1324  radical SAM domain-containing protein  29.63 
 
 		 369 aa  54.3  0.000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.527969 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  23.29 
 
 		 443 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.29 
 
 		 447 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0811  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  23.98 
 
 		 494 aa  53.5  0.000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  26.87 
 
 		 446 aa  53.5  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0728871  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  26.87 
 
 		 442 aa  53.5  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0233399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0429  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  23.53 
 
 		 438 aa  53.5  0.000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0523  radical SAM domain-containing protein  24.56 
 
 		 371 aa  53.1  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1044  RNA modification enzyme, MiaB family  25.64 
 
 		 534 aa  53.1  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.852588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1261  MiaB-like tRNA modifying enzyme  25.26 
 
 		 422 aa  52.8  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  27.88 
 
 		 463 aa  52.8  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  26.61 
 
 		 432 aa  52.4  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  23.01 
 
 		 452 aa  52.8  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0311  radical SAM domain-containing protein  24.03 
 
 		 393 aa  52.4  0.00002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  26.54 
 
 		 435 aa  52.8  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1501  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  21.12 
 
 		 471 aa  52.4  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3033  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  25.63 
 
 		 456 aa  52.4  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0419  RNA modification protein  24.74 
 
 		 456 aa  52.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.752325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1724  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.36 
 
 		 440 aa  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1323  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  21.91 
 
 		 482 aa  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0560356  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1850  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  21.98 
 
 		 481 aa  52.4  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1464  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  24.26 
 
 		 509 aa  51.6  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000457161 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  23.3 
 
 		 440 aa  52  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1233  Radical SAM domain protein  26.29 
 
 		 597 aa  52  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2909  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  22.73 
 
 		 451 aa  51.2  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1462  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  23.27 
 
 		 522 aa  51.6  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  25 
 
 		 436 aa  51.2  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1184  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  21.92 
 
 		 482 aa  51.2  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2157  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  23.44 
 
 		 525 aa  51.2  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0452  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  24.37 
 
 		 463 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2203  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  23.44 
 
 		 529 aa  50.8  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11680  RNA modification enzyme, MiaB family  22.75 
 
 		 450 aa  50.8  0.00006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0952269  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  20.28 
 
 		 434 aa  50.4  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1063  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  25.56 
 
 		 458 aa  50.8  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.270511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  25.59 
 
 		 435 aa  50.4  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0501  MiaB-like tRNA modifying enzyme  24.81 
 
 		 430 aa  50.4  0.00007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0252  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  20.36 
 
 		 441 aa  50.4  0.00007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1188  MiaB-like tRNA modifying enzyme  22.56 
 
 		 449 aa  50.4  0.00007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2144  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  23.33 
 
 		 526 aa  50.4  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00154343 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  21.56 
 
 		 434 aa  50.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2228  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  24.51 
 
 		 447 aa  50.4  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.696986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  23.95 
 
 		 430 aa  50.4  0.00008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0851  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  20.46 
 
 		 435 aa  50.1  0.00008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.154283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>