More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0311 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0311  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 393 aa  795    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1202  radical SAM domain-containing protein  73.12 
 
 		 412 aa  605  9.999999999999999e-173  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1890  radical SAM domain-containing protein  70.6 
 
 		 398 aa  597  1e-170  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1443  radical SAM domain-containing protein  70.53 
 
 		 410 aa  588  1e-167  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.664587  normal  0.058788 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0750  Radical SAM domain protein  36.72 
 
 		 405 aa  210  3e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1049  radical SAM domain-containing protein  35.67 
 
 		 398 aa  206  7e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2409  radical SAM domain-containing protein  38.39 
 
 		 495 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.523158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1034  radical SAM domain-containing protein  37.6 
 
 		 393 aa  197  2.0000000000000003e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.851598  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0742  radical SAM domain-containing protein  37.18 
 
 		 397 aa  195  1e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0766  radical SAM domain-containing protein  37.18 
 
 		 397 aa  193  5e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1283  Radical SAM domain protein  37.63 
 
 		 451 aa  192  6e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.340157  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0523  radical SAM domain-containing protein  36.76 
 
 		 371 aa  188  1e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1633  radical SAM domain-containing protein  32.63 
 
 		 369 aa  187  3e-46  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.806615  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1044  radical SAM domain-containing protein  31.44 
 
 		 369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.877972 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0902  radical SAM domain-containing protein  32.04 
 
 		 369 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.981157  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1062  radical SAM domain-containing protein  30.37 
 
 		 372 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0686  radical SAM domain-containing protein  33.45 
 
 		 378 aa  172  1e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0720  Fe-S oxidoreductase  36.33 
 
 		 377 aa  171  3e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0931  radical SAM domain-containing protein  35.53 
 
 		 369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.297129  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1323  Radical SAM domain protein  36.36 
 
 		 360 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1469  radical SAM family Fe-S protein  33.12 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0801  hypothetical protein  35.19 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1169  radical SAM family protein  33.75 
 
 		 372 aa  150  5e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.198127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1324  radical SAM domain-containing protein  35.12 
 
 		 369 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.527969 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2167  radical SAM family protein  30.49 
 
 		 444 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.208329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0391  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 		 435 aa  107  5e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1323  radical SAM domain-containing protein  28.32 
 
 		 441 aa  94  4e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0800  radical SAM domain-containing protein  28.05 
 
 		 455 aa  92  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.422662  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0228  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 441 aa  89  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0595  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 437 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.063528  normal  0.361831 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 430 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  25.6 
 
 		 507 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  23.75 
 
 		 562 aa  79.7  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0661  radical SAM domain-containing protein  27.07 
 
 		 438 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.692136  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  25.37 
 
 		 1250 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2334  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  28.02 
 
 		 459 aa  73.6  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0018  radical SAM domain-containing protein  26.84 
 
 		 497 aa  72  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  24.7 
 
 		 521 aa  70.5  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.49 
 
 		 472 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  25 
 
 		 469 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  30.77 
 
 		 451 aa  67.8  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000210311  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0501  MiaB-like tRNA modifying enzyme  28.06 
 
 		 430 aa  67  0.0000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3617  RNA modification protein  30 
 
 		 467 aa  66.6  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0681  Radical SAM domain protein  24.01 
 
 		 502 aa  66.2  0.0000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  unclonable  0.0000702668  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4345  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  25.97 
 
 		 442 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0849  RNA modification enzyme, MiaB family  26.38 
 
 		 458 aa  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0651  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  26.79 
 
 		 442 aa  65.5  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0893  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  26.38 
 
 		 474 aa  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.188426  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3801  RNA modification enzyme, MiaB family  26.06 
 
 		 445 aa  65.5  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.920944  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3300  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.45 
 
 		 454 aa  65.5  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1264  radical SAM domain-containing protein  24.12 
 
 		 551 aa  65.5  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.13 
 
 		 529 aa  64.7  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1133  Radical SAM domain protein  23.65 
 
 		 531 aa  64.3  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0197015  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4804  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  27.54 
 
 		 442 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.557764  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2960  Fe-S oxidoreductase  40.54 
 
 		 306 aa  63.9  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.392137  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  26.57 
 
 		 421 aa  63.9  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0783  RNA modification enzyme, MiaB family  27.27 
 
 		 438 aa  64.3  0.000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1055  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.56 
 
 		 510 aa  64.3  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  23.1 
 
 		 723 aa  64.3  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2669  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.36 
 
 		 528 aa  63.5  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0247408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1233  Radical SAM domain protein  27.44 
 
 		 597 aa  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1349  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.42 
 
 		 447 aa  63.5  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1156  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.42 
 
 		 447 aa  63.5  0.000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.516492  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  23.08 
 
 		 486 aa  63.5  0.000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  25.15 
 
 		 472 aa  63.2  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1191  radical SAM domain-containing protein  23.58 
 
 		 551 aa  63.2  0.000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000804505  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0865  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  26.75 
 
 		 454 aa  63.2  0.000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.278844  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0158  radical SAM domain-containing protein  26.63 
 
 		 599 aa  62.8  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.172348  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  26.69 
 
 		 624 aa  62.8  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0242  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.78 
 
 		 473 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1341  coproporphyrinogen III oxidase  30.85 
 
 		 505 aa  62.4  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.996503  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0421  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  23.85 
 
 		 439 aa  62  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0156  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 		 599 aa  62  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3770  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.8 
 
 		 467 aa  61.6  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  25.45 
 
 		 501 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  20.59 
 
 		 535 aa  61.6  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2313  radical SAM domain-containing protein  26.85 
 
 		 532 aa  61.6  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.356702  hitchhiker  0.00154549 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  22.87 
 
 		 552 aa  61.2  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5483  Radical SAM domain-containing protein  26.18 
 
 		 653 aa  61.6  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1330  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  25 
 
 		 478 aa  60.8  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0822103 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  28.93 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  28.93 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  28.93 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  28.93 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  28.93 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  28.93 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3411  coproporphyrinogen III oxidase  29.9 
 
 		 401 aa  60.8  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.102052 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  28.93 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  24.56 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  28.93 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1184  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  26.56 
 
 		 482 aa  60.5  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2692  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  25.3 
 
 		 474 aa  60.5  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  24.77 
 
 		 1288 aa  60.5  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0473  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  25.93 
 
 		 477 aa  60.1  0.00000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000440615  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0180  MiaB-like tRNA modifying enzyme  21.32 
 
 		 434 aa  60.1  0.00000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0452  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.33 
 
 		 463 aa  60.1  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0683  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  25.97 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  21.35 
 
 		 426 aa  59.7  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1494  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  25.97 
 
 		 439 aa  59.7  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  25.46 
 
 		 488 aa  59.7  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>