More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0233 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  100 
 
 
723 aa  1502    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  35.45 
 
 
647 aa  242  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  33.02 
 
 
647 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.78 
 
 
651 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.78 
 
 
647 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.78 
 
 
647 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.78 
 
 
651 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  30.06 
 
 
647 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.78 
 
 
651 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 
681 aa  234  6e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.46 
 
 
681 aa  227  6e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.79 
 
 
677 aa  217  5e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  30.74 
 
 
473 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25 
 
 
674 aa  205  3e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  31.61 
 
 
556 aa  192  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  32.29 
 
 
518 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  32.27 
 
 
564 aa  175  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.86 
 
 
554 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.06 
 
 
459 aa  172  3e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  31.27 
 
 
487 aa  169  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.65 
 
 
470 aa  169  2e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  30.28 
 
 
563 aa  167  8e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.05 
 
 
484 aa  162  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 
473 aa  161  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.98 
 
 
472 aa  161  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.57 
 
 
472 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  30.94 
 
 
488 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 
529 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  29.45 
 
 
548 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.34 
 
 
512 aa  154  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.21 
 
 
472 aa  154  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  31.98 
 
 
564 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  26.11 
 
 
450 aa  152  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  26.22 
 
 
461 aa  150  7e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  30.9 
 
 
520 aa  150  9e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 
489 aa  145  2e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  29.14 
 
 
469 aa  145  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.28 
 
 
494 aa  145  3e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  28.97 
 
 
494 aa  144  6e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 
462 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  26.07 
 
 
502 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  25.48 
 
 
471 aa  140  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.33 
 
 
441 aa  137  9e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  28.92 
 
 
494 aa  136  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  28.92 
 
 
494 aa  136  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  28.09 
 
 
459 aa  134  6e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 
520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 
441 aa  132  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  27.24 
 
 
864 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  26.68 
 
 
521 aa  131  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  28.42 
 
 
1250 aa  130  8.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  23.04 
 
 
468 aa  128  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  31.71 
 
 
576 aa  128  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29 
 
 
520 aa  127  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  31.02 
 
 
576 aa  127  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  27.99 
 
 
475 aa  127  9e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  26.58 
 
 
484 aa  125  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.52 
 
 
478 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  28.34 
 
 
552 aa  125  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.16 
 
 
535 aa  124  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  21.78 
 
 
461 aa  124  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  31.54 
 
 
583 aa  124  7e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  28.81 
 
 
534 aa  124  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  26.35 
 
 
476 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  23.81 
 
 
524 aa  122  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.3 
 
 
473 aa  121  4.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.11 
 
 
569 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.49 
 
 
547 aa  120  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.13 
 
 
451 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  27.89 
 
 
501 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  26.04 
 
 
475 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.58 
 
 
612 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.58 
 
 
612 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.3 
 
 
473 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.42 
 
 
548 aa  119  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.22 
 
 
565 aa  117  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.63 
 
 
476 aa  117  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  25.94 
 
 
476 aa  117  7.999999999999999e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.94 
 
 
476 aa  117  7.999999999999999e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.52 
 
 
479 aa  117  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  25.74 
 
 
475 aa  117  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  23.48 
 
 
507 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.52 
 
 
479 aa  117  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.3 
 
 
600 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  22.67 
 
 
425 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.41 
 
 
580 aa  115  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  24.3 
 
 
487 aa  115  3e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  25.23 
 
 
501 aa  115  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  27.16 
 
 
476 aa  114  5e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 
488 aa  114  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  24.58 
 
 
471 aa  114  8.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  28.92 
 
 
468 aa  114  9e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.63 
 
 
485 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  26.2 
 
 
618 aa  112  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  22.25 
 
 
501 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  24.48 
 
 
553 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  28.35 
 
 
584 aa  112  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  27.36 
 
 
497 aa  112  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 
444 aa  112  3e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.85 
 
 
558 aa  110  7.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>