More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1701 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  80.6 
 
 		 487 aa  790    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  100 
 
 		 469 aa  959    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  75.85 
 
 		 475 aa  738    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  30.47 
 
 		 456 aa  205  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  29.98 
 
 		 521 aa  202  7e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  32.47 
 
 		 452 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  28.35 
 
 		 513 aa  189  7e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  30.54 
 
 		 502 aa  189  8e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.78 
 
 		 513 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  28.42 
 
 		 517 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  28.63 
 
 		 513 aa  183  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.62 
 
 		 515 aa  177  5e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  29.34 
 
 		 487 aa  172  9e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.95 
 
 		 451 aa  158  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  25.6 
 
 		 523 aa  157  4e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.71 
 
 		 533 aa  138  2e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.64 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  24.76 
 
 		 441 aa  134  3e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 		 470 aa  124  5e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  29.02 
 
 		 489 aa  123  8e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  33.03 
 
 		 563 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 		 529 aa  119  9e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  28.5 
 
 		 472 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  28.75 
 
 		 472 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.54 
 
 		 609 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  26.43 
 
 		 609 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  26.99 
 
 		 459 aa  114  5e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.6 
 
 		 558 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.45 
 
 		 488 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  23.11 
 
 		 468 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.37 
 
 		 506 aa  108  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 		 506 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  29.55 
 
 		 547 aa  106  7e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.62 
 
 		 554 aa  106  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  27.65 
 
 		 495 aa  106  9e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 		 506 aa  106  9e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  26.4 
 
 		 608 aa  106  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 		 603 aa  104  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 		 469 aa  103  7e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.96 
 
 		 534 aa  103  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.22 
 
 		 564 aa  103  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.88 
 
 		 612 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.88 
 
 		 612 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 487 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  29.63 
 
 		 618 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.34 
 
 		 473 aa  102  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.54 
 
 		 612 aa  102  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.48 
 
 		 548 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.16 
 
 		 485 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.4 
 
 		 600 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  26.05 
 
 		 473 aa  101  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.12 
 
 		 608 aa  100  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.97 
 
 		 567 aa  99.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 		 484 aa  99.8  9e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 		 501 aa  98.2  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.49 
 
 		 569 aa  98.2  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.42 
 
 		 565 aa  98.2  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  27.59 
 
 		 444 aa  98.2  3e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.16 
 
 		 580 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.52 
 
 		 472 aa  97.4  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  23.91 
 
 		 501 aa  97.4  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.96 
 
 		 520 aa  96.7  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.2 
 
 		 518 aa  96.3  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.23 
 
 		 535 aa  95.5  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  26.04 
 
 		 553 aa  95.9  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.61 
 
 		 472 aa  94.4  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 		 446 aa  94.4  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 524 aa  94.4  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.71 
 
 		 547 aa  94  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 		 520 aa  94  6e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.35 
 
 		 546 aa  93.2  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  25.38 
 
 		 459 aa  92.4  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 		 474 aa  92.8  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  27.94 
 
 		 428 aa  92.8  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 		 430 aa  92.8  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.65 
 
 		 528 aa  92.4  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.3 
 
 		 527 aa  91.7  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.88 
 
 		 567 aa  91.3  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  30.38 
 
 		 433 aa  91.3  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  28.01 
 
 		 429 aa  90.9  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.29 
 
 		 546 aa  91.3  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  25.57 
 
 		 516 aa  90.9  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  25.5 
 
 		 425 aa  90.5  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  21.22 
 
 		 461 aa  89.7  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  23.6 
 
 		 503 aa  89.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  26.36 
 
 		 471 aa  89  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.41 
 
 		 546 aa  88.2  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 507 aa  87.8  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  26.3 
 
 		 476 aa  87.8  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  23.94 
 
 		 472 aa  87.4  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.17 
 
 		 546 aa  87.4  5e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  23.63 
 
 		 520 aa  87  6e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  26.27 
 
 		 430 aa  86.7  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  24.94 
 
 		 494 aa  86.7  8e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.65 
 
 		 462 aa  86.7  8e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  25.32 
 
 		 556 aa  86.7  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 		 494 aa  86.7  8e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  24.94 
 
 		 494 aa  86.7  8e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  25.09 
 
 		 566 aa  86.7  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 		 494 aa  85.9  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>