More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3231 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  96.19 
 
 
472 aa  939    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  100 
 
 
472 aa  971    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  38.91 
 
 
484 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  38.39 
 
 
495 aa  293  3e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.61 
 
 
459 aa  187  3e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  32.15 
 
 
451 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  30.16 
 
 
533 aa  168  2e-40  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.4 
 
 
441 aa  154  4e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.17 
 
 
441 aa  151  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  29.9 
 
 
452 aa  147  6e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  27.16 
 
 
506 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.62 
 
 
529 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.33 
 
 
567 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 
506 aa  137  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  30.31 
 
 
488 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 
506 aa  136  8e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.98 
 
 
608 aa  136  9e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  30.24 
 
 
487 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.46 
 
 
520 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.34 
 
 
612 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 
521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.37 
 
 
489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  25.72 
 
 
501 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.65 
 
 
580 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.19 
 
 
501 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  25.71 
 
 
503 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26.07 
 
 
468 aa  131  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  24.42 
 
 
461 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.76 
 
 
569 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  25.86 
 
 
603 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.02 
 
 
565 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.79 
 
 
548 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.48 
 
 
535 aa  127  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 
428 aa  127  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.85 
 
 
524 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  27.23 
 
 
444 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  28.64 
 
 
631 aa  126  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  28.38 
 
 
430 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  22.9 
 
 
470 aa  125  2e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  25.45 
 
 
612 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  29.6 
 
 
433 aa  124  4e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.45 
 
 
612 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  23.56 
 
 
487 aa  124  5e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 
429 aa  123  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 
520 aa  123  9e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.85 
 
 
554 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.34 
 
 
546 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  27.52 
 
 
618 aa  120  7e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  26.68 
 
 
608 aa  119  7.999999999999999e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.43 
 
 
547 aa  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.57 
 
 
609 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  24.78 
 
 
502 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  24.15 
 
 
516 aa  118  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.48 
 
 
546 aa  117  3e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 
494 aa  118  3e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.06 
 
 
547 aa  118  3e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.36 
 
 
534 aa  118  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  27.23 
 
 
609 aa  117  3e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 
494 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  28.39 
 
 
472 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  23.99 
 
 
456 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  27.23 
 
 
675 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.6 
 
 
546 aa  117  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.63 
 
 
600 aa  117  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  28.75 
 
 
469 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.59 
 
 
567 aa  116  7.999999999999999e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 
488 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
564 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.61 
 
 
546 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.5 
 
 
681 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.29 
 
 
546 aa  114  3e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.08 
 
 
494 aa  114  3e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.08 
 
 
494 aa  114  3e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.42 
 
 
546 aa  113  8.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.25 
 
 
472 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.48 
 
 
459 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.04 
 
 
520 aa  111  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  28.46 
 
 
518 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  22.51 
 
 
468 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  25.19 
 
 
444 aa  110  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.42 
 
 
444 aa  110  6e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.46 
 
 
472 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 
458 aa  110  7.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  27.75 
 
 
428 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 
564 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  26.76 
 
 
556 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  26.06 
 
 
562 aa  109  9.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
434 aa  109  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.84 
 
 
474 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  24.63 
 
 
439 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4478  radical SAM family protein  28.06 
 
 
554 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.140837  normal  0.22726 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  27.47 
 
 
424 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 
468 aa  107  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  26.12 
 
 
498 aa  107  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.54 
 
 
674 aa  107  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  26.08 
 
 
428 aa  107  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  24.26 
 
 
566 aa  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  26.85 
 
 
504 aa  107  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  27.3 
 
 
501 aa  106  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>