More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0780 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  68.8 
 
 
515 aa  756    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  64.66 
 
 
521 aa  731    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  67.38 
 
 
513 aa  734    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  72.23 
 
 
513 aa  783    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  73.2 
 
 
513 aa  788    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  100 
 
 
517 aa  1053    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  59.39 
 
 
523 aa  635    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  61.26 
 
 
502 aa  620  1e-176  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  59.67 
 
 
487 aa  594  1e-168  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  36.71 
 
 
452 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  31.83 
 
 
456 aa  207  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  32.47 
 
 
487 aa  188  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  30.56 
 
 
475 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  28.42 
 
 
469 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  29.4 
 
 
533 aa  159  1e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.2 
 
 
441 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  29.7 
 
 
441 aa  152  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.54 
 
 
546 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.02 
 
 
546 aa  141  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.78 
 
 
546 aa  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.27 
 
 
547 aa  139  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.48 
 
 
546 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.08 
 
 
546 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.41 
 
 
567 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.78 
 
 
546 aa  137  7.000000000000001e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  27.59 
 
 
501 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  28.08 
 
 
503 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.97 
 
 
534 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.97 
 
 
565 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 
451 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.26 
 
 
506 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.83 
 
 
501 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.61 
 
 
520 aa  134  5e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.6 
 
 
535 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.46 
 
 
567 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  28.71 
 
 
506 aa  131  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 
488 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  27 
 
 
612 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  28.71 
 
 
506 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27 
 
 
612 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.73 
 
 
580 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.27 
 
 
569 aa  127  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.13 
 
 
558 aa  127  7e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.08 
 
 
548 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.48 
 
 
527 aa  125  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  28.95 
 
 
474 aa  124  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.16 
 
 
508 aa  123  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  24.31 
 
 
470 aa  123  9e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.74 
 
 
600 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.07 
 
 
516 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.94 
 
 
473 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.46 
 
 
508 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.51 
 
 
528 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.22 
 
 
554 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  25.28 
 
 
675 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  24.2 
 
 
547 aa  113  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  22.94 
 
 
459 aa  111  3e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  26.74 
 
 
446 aa  111  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 
433 aa  110  6e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.7 
 
 
468 aa  107  7e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 
429 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.06 
 
 
461 aa  105  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.39 
 
 
472 aa  103  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  23.86 
 
 
489 aa  103  9e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.16 
 
 
472 aa  102  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.8 
 
 
472 aa  100  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  28.53 
 
 
444 aa  100  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 
471 aa  100  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.76 
 
 
488 aa  98.6  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.37 
 
 
609 aa  97.8  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.4 
 
 
520 aa  97.8  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 
472 aa  97.4  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  27.07 
 
 
428 aa  96.7  9e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.38 
 
 
564 aa  96.7  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  25.65 
 
 
471 aa  96.3  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 
472 aa  96.3  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2990  Radical SAM domain protein  24.47 
 
 
423 aa  95.9  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00051449  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  26.42 
 
 
502 aa  95.9  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 
484 aa  95.1  2e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.88 
 
 
518 aa  95.9  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  24.95 
 
 
521 aa  95.5  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  28.81 
 
 
430 aa  94.7  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  28.1 
 
 
428 aa  95.1  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  25.65 
 
 
618 aa  94.7  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  25.85 
 
 
608 aa  94  6e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  27.6 
 
 
577 aa  94  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.96 
 
 
524 aa  94  6e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.6 
 
 
428 aa  93.2  9e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.91 
 
 
564 aa  93.2  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  27.13 
 
 
490 aa  93.2  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  24.71 
 
 
545 aa  92.8  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  27.65 
 
 
600 aa  92.4  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  27.49 
 
 
501 aa  92  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.71 
 
 
478 aa  92.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.08 
 
 
529 aa  91.3  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  27.55 
 
 
476 aa  91.3  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 
572 aa  90.9  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  25.06 
 
 
459 aa  90.9  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  26.17 
 
 
489 aa  90.1  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 
573 aa  90.1  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>