More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3102 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
487 aa  1000    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  80.04 
 
 
502 aa  798    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  56.56 
 
 
521 aa  592  1e-168  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  59.67 
 
 
517 aa  594  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  58.57 
 
 
515 aa  589  1e-167  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  56.76 
 
 
513 aa  580  1e-164  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  58.27 
 
 
513 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  56.85 
 
 
513 aa  570  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  55.44 
 
 
523 aa  564  1.0000000000000001e-159  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  34.84 
 
 
452 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  31.97 
 
 
456 aa  211  3e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  29.34 
 
 
469 aa  172  9e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  30.02 
 
 
475 aa  169  8e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  30.1 
 
 
487 aa  169  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 
533 aa  158  3e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.85 
 
 
451 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.17 
 
 
441 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.92 
 
 
441 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  27.06 
 
 
503 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.92 
 
 
534 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.6 
 
 
535 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 
506 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.44 
 
 
548 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.44 
 
 
520 aa  117  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.68 
 
 
501 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.53 
 
 
565 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.47 
 
 
546 aa  114  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.49 
 
 
506 aa  114  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.49 
 
 
506 aa  114  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.47 
 
 
546 aa  113  7.000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.23 
 
 
459 aa  113  8.000000000000001e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.67 
 
 
508 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.71 
 
 
558 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.37 
 
 
567 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.12 
 
 
567 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.12 
 
 
580 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.71 
 
 
528 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.71 
 
 
527 aa  110  6e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.46 
 
 
569 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.59 
 
 
546 aa  110  7.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  24.76 
 
 
501 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.67 
 
 
547 aa  109  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.36 
 
 
546 aa  107  6e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.89 
 
 
546 aa  107  6e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.12 
 
 
546 aa  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.83 
 
 
508 aa  106  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.05 
 
 
516 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  26.14 
 
 
675 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.42 
 
 
488 aa  104  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  30.08 
 
 
577 aa  103  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  24.46 
 
 
489 aa  103  7e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  24.26 
 
 
461 aa  102  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  28.41 
 
 
474 aa  100  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.99 
 
 
554 aa  100  8e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 
488 aa  99.8  9e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  26.56 
 
 
484 aa  99.8  9e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.22 
 
 
609 aa  99.4  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.99 
 
 
472 aa  98.2  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  28.15 
 
 
444 aa  97.8  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.01 
 
 
473 aa  97.8  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.66 
 
 
518 aa  97.8  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  24.77 
 
 
547 aa  97.4  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.88 
 
 
600 aa  96.3  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  28.02 
 
 
472 aa  95.9  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
472 aa  95.9  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.75 
 
 
612 aa  95.5  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  27.21 
 
 
429 aa  94.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  25.74 
 
 
439 aa  94.7  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
529 aa  93.6  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  28.19 
 
 
573 aa  93.2  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  27.22 
 
 
608 aa  92  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  24.59 
 
 
612 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  28.12 
 
 
572 aa  92.4  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  25.4 
 
 
553 aa  92.4  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.59 
 
 
612 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  25.39 
 
 
471 aa  91.7  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  27.6 
 
 
430 aa  91.7  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.04 
 
 
459 aa  91.3  4e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  24.87 
 
 
545 aa  91.3  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  23.39 
 
 
468 aa  90.9  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.13 
 
 
487 aa  90.1  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  29.1 
 
 
609 aa  89.4  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 
564 aa  88.6  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  24.36 
 
 
472 aa  88.6  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  28.27 
 
 
437 aa  88.2  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  27.81 
 
 
563 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.3 
 
 
485 aa  86.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  24.4 
 
 
476 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  28.95 
 
 
598 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
494 aa  84.7  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.35 
 
 
608 aa  84.7  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  25.06 
 
 
477 aa  84  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  24.77 
 
 
520 aa  84  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.57 
 
 
494 aa  84  0.000000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  23.65 
 
 
472 aa  84  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 
520 aa  84  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  28.75 
 
 
603 aa  83.6  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  24.69 
 
 
433 aa  83.2  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.24 
 
 
485 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>