More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1171 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  60.29 
 
 
556 aa  635    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  67.09 
 
 
554 aa  739    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  100 
 
 
563 aa  1144    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  55.8 
 
 
564 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  56.72 
 
 
564 aa  560  1e-158  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  51.64 
 
 
512 aa  494  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  45.69 
 
 
518 aa  431  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  30.56 
 
 
864 aa  220  5e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  32.84 
 
 
459 aa  209  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  31.58 
 
 
489 aa  201  3.9999999999999996e-50  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  31.19 
 
 
470 aa  195  2e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  30.99 
 
 
459 aa  192  2e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  34.41 
 
 
488 aa  191  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  31.17 
 
 
534 aa  189  9e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  34.08 
 
 
487 aa  184  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.3 
 
 
520 aa  183  6e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  32.2 
 
 
520 aa  182  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  30.33 
 
 
576 aa  179  8e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.1 
 
 
484 aa  179  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.68 
 
 
558 aa  179  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  29.86 
 
 
576 aa  177  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  30.33 
 
 
583 aa  176  9e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  31.54 
 
 
484 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.18 
 
 
547 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.33 
 
 
546 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.83 
 
 
548 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.85 
 
 
546 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.03 
 
 
472 aa  174  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.83 
 
 
535 aa  174  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  29.24 
 
 
462 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  29.75 
 
 
552 aa  173  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.94 
 
 
546 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.61 
 
 
487 aa  173  1e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.97 
 
 
546 aa  171  2e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.01 
 
 
473 aa  171  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.58 
 
 
681 aa  171  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  32.71 
 
 
473 aa  170  5e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  31.11 
 
 
529 aa  169  9e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.18 
 
 
546 aa  169  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  33.06 
 
 
1250 aa  169  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.75 
 
 
569 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.54 
 
 
546 aa  169  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.48 
 
 
494 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  31.58 
 
 
450 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.48 
 
 
494 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  30.18 
 
 
723 aa  167  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.37 
 
 
567 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.78 
 
 
527 aa  167  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.17 
 
 
472 aa  166  9e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.52 
 
 
494 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  29.77 
 
 
494 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  29.2 
 
 
506 aa  165  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.32 
 
 
565 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.72 
 
 
674 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 
461 aa  163  9e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.61 
 
 
580 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 
521 aa  161  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  28.68 
 
 
506 aa  161  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  30.73 
 
 
469 aa  161  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  28.68 
 
 
506 aa  161  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  28.61 
 
 
548 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.66 
 
 
528 aa  159  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  31.05 
 
 
474 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 
472 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.68 
 
 
501 aa  156  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.37 
 
 
600 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  27.62 
 
 
612 aa  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.62 
 
 
612 aa  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  29.34 
 
 
547 aa  152  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.73 
 
 
677 aa  152  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  31.23 
 
 
451 aa  151  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  31.62 
 
 
553 aa  151  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  28.91 
 
 
502 aa  150  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.59 
 
 
567 aa  150  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 
471 aa  150  8e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  26.87 
 
 
503 aa  149  9e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  26.87 
 
 
501 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.35 
 
 
441 aa  148  3e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.71 
 
 
647 aa  146  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.22 
 
 
520 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  29.14 
 
 
675 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.19 
 
 
651 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  27.31 
 
 
468 aa  144  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  31.5 
 
 
647 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 
441 aa  144  4e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.5 
 
 
647 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.5 
 
 
647 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.5 
 
 
651 aa  144  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.5 
 
 
651 aa  144  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  31.29 
 
 
647 aa  144  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  31.76 
 
 
424 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  30.6 
 
 
488 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  30.28 
 
 
555 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.3 
 
 
485 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  29.84 
 
 
461 aa  140  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  31.14 
 
 
501 aa  140  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 
524 aa  140  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  31.55 
 
 
490 aa  139  1e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  29.26 
 
 
507 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  24.77 
 
 
488 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>