More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2434 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  66.73 
 
 
521 aa  696    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
520 aa  1074    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  70.93 
 
 
502 aa  755    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  73.31 
 
 
524 aa  782    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  34.13 
 
 
487 aa  301  3e-80  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  33.65 
 
 
566 aa  266  7e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.79 
 
 
459 aa  211  3e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  30.65 
 
 
516 aa  207  3e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  34.48 
 
 
618 aa  193  5e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  32.23 
 
 
472 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  31.44 
 
 
470 aa  189  1e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.29 
 
 
472 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  30.23 
 
 
471 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  31.7 
 
 
473 aa  183  7e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  32.3 
 
 
489 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.83 
 
 
472 aa  177  5e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.79 
 
 
484 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  27.69 
 
 
555 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  27.44 
 
 
507 aa  173  7.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  27.94 
 
 
468 aa  172  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  28.36 
 
 
451 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  32.23 
 
 
520 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.84 
 
 
529 aa  166  8e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  33.8 
 
 
512 aa  164  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  30.7 
 
 
487 aa  164  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  29.81 
 
 
488 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  27.65 
 
 
631 aa  162  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  29.62 
 
 
469 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 
503 aa  160  7e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.79 
 
 
546 aa  158  2e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  31.54 
 
 
564 aa  157  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.15 
 
 
528 aa  153  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  28.57 
 
 
548 aa  153  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  27.08 
 
 
555 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.89 
 
 
527 aa  152  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.92 
 
 
558 aa  151  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.19 
 
 
546 aa  151  3e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.44 
 
 
567 aa  151  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 
533 aa  150  4e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 
499 aa  150  5e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 
506 aa  150  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.29 
 
 
546 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 
506 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  29.09 
 
 
501 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.44 
 
 
546 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 
506 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.55 
 
 
547 aa  148  3e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.14 
 
 
441 aa  147  3e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.76 
 
 
546 aa  147  6e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  29.91 
 
 
675 aa  146  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.4 
 
 
546 aa  146  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.48 
 
 
444 aa  146  1e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  30.91 
 
 
564 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.37 
 
 
548 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  29.46 
 
 
488 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  31.65 
 
 
462 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  26.64 
 
 
474 aa  144  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  26.72 
 
 
471 aa  144  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 
441 aa  144  4e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.92 
 
 
535 aa  143  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.46 
 
 
520 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.26 
 
 
567 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.52 
 
 
580 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 
501 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
576 aa  141  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 
468 aa  140  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.57 
 
 
485 aa  140  7e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  30.7 
 
 
494 aa  139  8.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  30.7 
 
 
494 aa  139  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
576 aa  139  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  30.62 
 
 
556 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  27.83 
 
 
489 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  31.45 
 
 
476 aa  139  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 
461 aa  137  4e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  28.3 
 
 
534 aa  137  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  29.22 
 
 
563 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  30.09 
 
 
475 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.02 
 
 
677 aa  136  8e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  27.54 
 
 
484 aa  136  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.58 
 
 
518 aa  136  9e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.12 
 
 
569 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 
450 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.95 
 
 
554 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  26.55 
 
 
501 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  29.46 
 
 
475 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  25.62 
 
 
459 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  26.46 
 
 
425 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.39 
 
 
494 aa  134  6e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.39 
 
 
494 aa  133  6e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.53 
 
 
565 aa  134  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.2 
 
 
674 aa  133  6.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.23 
 
 
600 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  29.61 
 
 
609 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0861  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.58 
 
 
561 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000604152  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.15 
 
 
473 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.88 
 
 
612 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 
723 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.88 
 
 
476 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  29.18 
 
 
608 aa  131  3e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.17 
 
 
608 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>