More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3552 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  100 
 
 
488 aa  1014    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  46.32 
 
 
474 aa  429  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  39.58 
 
 
503 aa  383  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  39.17 
 
 
501 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  39.17 
 
 
501 aa  373  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  39.35 
 
 
506 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  39.35 
 
 
506 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  38.54 
 
 
506 aa  368  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  38.94 
 
 
547 aa  325  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  38.09 
 
 
612 aa  323  5e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.09 
 
 
612 aa  323  5e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.64 
 
 
558 aa  323  6e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  39.02 
 
 
520 aa  320  3e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  39.16 
 
 
565 aa  319  9e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.59 
 
 
548 aa  318  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.95 
 
 
580 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.66 
 
 
600 aa  317  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.18 
 
 
527 aa  312  9e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.19 
 
 
567 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.18 
 
 
528 aa  311  1e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  36.54 
 
 
534 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.42 
 
 
546 aa  303  6.000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.25 
 
 
535 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.71 
 
 
569 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.21 
 
 
546 aa  299  7e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  35.99 
 
 
547 aa  298  2e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  35.99 
 
 
546 aa  296  7e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  35.78 
 
 
546 aa  295  1e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.42 
 
 
546 aa  294  2e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.38 
 
 
546 aa  293  6e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  34.83 
 
 
567 aa  292  8e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  36.19 
 
 
675 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  30.99 
 
 
459 aa  203  7e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  29.69 
 
 
470 aa  200  5e-50  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  29.69 
 
 
489 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.68 
 
 
508 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.37 
 
 
609 aa  182  2e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.1 
 
 
451 aa  182  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  34.25 
 
 
609 aa  179  1e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.74 
 
 
516 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.68 
 
 
508 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  34.17 
 
 
608 aa  171  2e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.29 
 
 
608 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  29.84 
 
 
533 aa  167  4e-40  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
461 aa  158  3e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.04 
 
 
612 aa  152  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.05 
 
 
472 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  27.02 
 
 
487 aa  147  6e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.47 
 
 
471 aa  146  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 
603 aa  146  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  30.63 
 
 
489 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.46 
 
 
520 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.84 
 
 
520 aa  144  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.32 
 
 
529 aa  143  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  24.95 
 
 
524 aa  141  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 
502 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.82 
 
 
472 aa  137  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  30.6 
 
 
563 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.05 
 
 
459 aa  133  7.999999999999999e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.26 
 
 
441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.76 
 
 
513 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  33.44 
 
 
518 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 
441 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 
517 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  27.67 
 
 
521 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  26.42 
 
 
545 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.21 
 
 
484 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.78 
 
 
472 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.38 
 
 
512 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  28.16 
 
 
556 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 
473 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.67 
 
 
515 aa  124  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  27.36 
 
 
513 aa  123  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  26.5 
 
 
456 aa  123  8e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  27.39 
 
 
484 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 
513 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 
494 aa  122  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  28.32 
 
 
452 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.72 
 
 
485 aa  121  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  25.16 
 
 
494 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  25.16 
 
 
494 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  29.82 
 
 
469 aa  120  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  27.51 
 
 
476 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.87 
 
 
476 aa  119  9e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  26.99 
 
 
521 aa  119  9e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.56 
 
 
494 aa  119  9e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  25.79 
 
 
576 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.11 
 
 
554 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.57 
 
 
488 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  26.06 
 
 
471 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  25.26 
 
 
1250 aa  117  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  26.43 
 
 
472 aa  117  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.66 
 
 
485 aa  117  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  26.16 
 
 
583 aa  117  6e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  27.44 
 
 
523 aa  116  7.999999999999999e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 
472 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  26.33 
 
 
516 aa  116  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 
487 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  25.34 
 
 
576 aa  116  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  26.22 
 
 
468 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>