More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6404 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  60.61 
 
 
546 aa  654    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  81.03 
 
 
520 aa  863    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  69.72 
 
 
600 aa  753    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  69.52 
 
 
612 aa  753    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  69.52 
 
 
612 aa  753    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  60.61 
 
 
546 aa  657    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  60.41 
 
 
546 aa  647    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  67.22 
 
 
547 aa  786    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  100 
 
 
534 aa  1108    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  60.49 
 
 
547 aa  651    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  67.28 
 
 
527 aa  705    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  60.61 
 
 
546 aa  652    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  71.73 
 
 
535 aa  815    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  72.27 
 
 
558 aa  822    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  70.84 
 
 
565 aa  816    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  61.96 
 
 
675 aa  637    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  66.26 
 
 
528 aa  699    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  71.78 
 
 
580 aa  823    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  72.95 
 
 
569 aa  840    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  71.35 
 
 
567 aa  827    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  60.41 
 
 
546 aa  650    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  76.23 
 
 
548 aa  864    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  66.46 
 
 
567 aa  701    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  60.61 
 
 
546 aa  652    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  37.55 
 
 
474 aa  312  1e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  38.16 
 
 
501 aa  307  4.0000000000000004e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  36.54 
 
 
488 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  37.84 
 
 
506 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  37.01 
 
 
503 aa  302  8.000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  38.94 
 
 
506 aa  300  4e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  38.94 
 
 
506 aa  300  5e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  37.18 
 
 
501 aa  299  8e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 
489 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.78 
 
 
516 aa  196  9e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  29.12 
 
 
470 aa  194  3e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  32.82 
 
 
488 aa  187  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.77 
 
 
554 aa  186  6e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  32.74 
 
 
487 aa  184  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.43 
 
 
508 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.6 
 
 
508 aa  183  8.000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  31.17 
 
 
563 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  33.42 
 
 
520 aa  179  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.6 
 
 
459 aa  174  3.9999999999999995e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.99 
 
 
472 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.72 
 
 
556 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.81 
 
 
512 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 
473 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.08 
 
 
612 aa  162  1e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.09 
 
 
441 aa  162  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
608 aa  161  4e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  29.86 
 
 
441 aa  160  8e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  29.17 
 
 
529 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.71 
 
 
609 aa  153  8.999999999999999e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.65 
 
 
485 aa  152  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.3 
 
 
608 aa  149  9e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  28.46 
 
 
609 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  28.34 
 
 
459 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.1 
 
 
484 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  26.49 
 
 
564 aa  148  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.17 
 
 
472 aa  146  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  26.8 
 
 
564 aa  146  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.56 
 
 
451 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  24.49 
 
 
472 aa  144  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  27.09 
 
 
488 aa  143  7e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.68 
 
 
485 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 
468 aa  141  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  27.88 
 
 
494 aa  140  7.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  27.71 
 
 
494 aa  138  2e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.71 
 
 
494 aa  138  2e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  28.13 
 
 
494 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 
462 aa  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  28.32 
 
 
545 aa  137  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 
520 aa  137  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 
518 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.29 
 
 
651 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  26.97 
 
 
517 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.02 
 
 
651 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.02 
 
 
651 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.02 
 
 
647 aa  135  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.02 
 
 
647 aa  135  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
533 aa  135  3e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  29.02 
 
 
647 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  29.02 
 
 
647 aa  134  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.43 
 
 
647 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 
513 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  26.04 
 
 
603 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  26.67 
 
 
523 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.19 
 
 
471 aa  131  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  26.12 
 
 
502 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  26.9 
 
 
576 aa  130  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  28.81 
 
 
618 aa  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.51 
 
 
677 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.17 
 
 
524 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  25.9 
 
 
513 aa  128  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  26.42 
 
 
425 aa  127  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  26.21 
 
 
576 aa  127  5e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  26.33 
 
 
468 aa  127  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 
521 aa  127  7e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  26.97 
 
 
450 aa  125  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  22.49 
 
 
487 aa  124  4e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>