More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0454 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  96.18 
 
 
576 aa  1165    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
576 aa  1199    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  82.96 
 
 
583 aa  1004    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.86 
 
 
488 aa  211  3e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  28.83 
 
 
487 aa  209  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.91 
 
 
476 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  26.14 
 
 
473 aa  189  8e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  29.09 
 
 
470 aa  189  9e-47  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  29.2 
 
 
476 aa  188  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.22 
 
 
485 aa  188  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  28.42 
 
 
489 aa  187  6e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  32.61 
 
 
476 aa  186  9e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 
529 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.49 
 
 
472 aa  184  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.75 
 
 
473 aa  182  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  28.73 
 
 
475 aa  182  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.75 
 
 
473 aa  181  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.72 
 
 
484 aa  181  4e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  28.95 
 
 
475 aa  180  8e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  26.19 
 
 
459 aa  177  4e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  29.28 
 
 
461 aa  176  9e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 
490 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.29 
 
 
478 aa  176  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  27.93 
 
 
497 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  33.43 
 
 
501 aa  174  5e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  29.86 
 
 
563 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.94 
 
 
472 aa  167  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  27.11 
 
 
476 aa  167  4e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.97 
 
 
479 aa  167  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.97 
 
 
479 aa  167  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  29.77 
 
 
520 aa  166  8e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  24.83 
 
 
472 aa  163  9e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  31.63 
 
 
474 aa  160  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  27.45 
 
 
474 aa  158  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.85 
 
 
474 aa  158  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  28.6 
 
 
471 aa  158  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  31.68 
 
 
548 aa  156  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.24 
 
 
554 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.1 
 
 
494 aa  155  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  28.54 
 
 
556 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.99 
 
 
441 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  27.03 
 
 
564 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.23 
 
 
473 aa  154  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.46 
 
 
441 aa  152  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  25.89 
 
 
494 aa  152  1e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.11 
 
 
474 aa  151  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  30.64 
 
 
473 aa  152  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  25.68 
 
 
494 aa  151  3e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  25.68 
 
 
494 aa  151  3e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  29.83 
 
 
521 aa  151  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  31.29 
 
 
473 aa  150  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  31.29 
 
 
473 aa  150  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  31.29 
 
 
473 aa  150  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  26.85 
 
 
470 aa  150  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
475 aa  150  5e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  31.29 
 
 
481 aa  150  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  31.29 
 
 
481 aa  150  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  31.29 
 
 
481 aa  150  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  31.29 
 
 
503 aa  150  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.89 
 
 
474 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.1 
 
 
474 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.1 
 
 
474 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  25.44 
 
 
473 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  29.48 
 
 
473 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  32.65 
 
 
444 aa  148  3e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0973  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.64 
 
 
477 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  31.34 
 
 
462 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.47 
 
 
459 aa  145  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  25.85 
 
 
552 aa  146  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 
518 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  31.71 
 
 
502 aa  144  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  29.13 
 
 
469 aa  144  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.2 
 
 
473 aa  144  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.69 
 
 
546 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.45 
 
 
485 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.66 
 
 
512 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.91 
 
 
473 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 
451 aa  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  28.91 
 
 
473 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.85 
 
 
546 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 
486 aa  141  3.9999999999999997e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7154  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.09 
 
 
479 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.535479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6339  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.65 
 
 
479 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00317674 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 
489 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
520 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.16 
 
 
546 aa  139  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.69 
 
 
520 aa  138  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.91 
 
 
473 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  28.91 
 
 
473 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  28.91 
 
 
473 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  30.2 
 
 
480 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  24.03 
 
 
484 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.85 
 
 
547 aa  136  8e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.4 
 
 
546 aa  137  8e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  32.3 
 
 
450 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.6 
 
 
546 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  31.92 
 
 
468 aa  135  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.16 
 
 
546 aa  135  3e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  30.51 
 
 
524 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.68 
 
 
533 aa  134  3.9999999999999996e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>