More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2585 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  89.74 
 
 
546 aa  1042    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  68.49 
 
 
527 aa  766    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  58.94 
 
 
558 aa  637    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  65.36 
 
 
675 aa  702    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  60.61 
 
 
534 aa  652    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  92.12 
 
 
546 aa  1068    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  91.59 
 
 
547 aa  1057    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  58.78 
 
 
520 aa  637    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  67.95 
 
 
567 aa  772    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  58.88 
 
 
535 aa  644    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  68.69 
 
 
528 aa  769    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  92.67 
 
 
546 aa  1073    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  59.27 
 
 
548 aa  638    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  91.03 
 
 
546 aa  1055    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  91.94 
 
 
546 aa  1072    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  100 
 
 
546 aa  1141    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  55.75 
 
 
580 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  55.95 
 
 
567 aa  624  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  55.95 
 
 
565 aa  621  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  57.37 
 
 
569 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  53.28 
 
 
547 aa  608  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  54.89 
 
 
600 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  54.29 
 
 
612 aa  592  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  54.29 
 
 
612 aa  592  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  39.56 
 
 
501 aa  332  2e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  39.56 
 
 
501 aa  330  4e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  39.12 
 
 
506 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  39.4 
 
 
503 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  38.46 
 
 
506 aa  319  9e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  38.46 
 
 
506 aa  318  2e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  36.04 
 
 
474 aa  303  8.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  35.78 
 
 
488 aa  295  1e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.06 
 
 
516 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  30.57 
 
 
489 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  30.55 
 
 
470 aa  197  4.0000000000000005e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.06 
 
 
508 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.4 
 
 
508 aa  184  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
459 aa  184  5.0000000000000004e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.3 
 
 
563 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.49 
 
 
441 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  31.1 
 
 
529 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.06 
 
 
554 aa  161  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  29.03 
 
 
441 aa  161  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.12 
 
 
488 aa  158  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.21 
 
 
512 aa  157  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.9 
 
 
451 aa  157  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
487 aa  156  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.02 
 
 
533 aa  154  2.9999999999999998e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  26.87 
 
 
556 aa  154  5e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 
494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 
494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.51 
 
 
494 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.51 
 
 
494 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.13 
 
 
472 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.4 
 
 
520 aa  146  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.77 
 
 
472 aa  145  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.61 
 
 
485 aa  146  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.83 
 
 
612 aa  145  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.34 
 
 
484 aa  145  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 
473 aa  144  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  29.66 
 
 
520 aa  144  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 
524 aa  141  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.19 
 
 
548 aa  141  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.6 
 
 
468 aa  139  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  24.89 
 
 
472 aa  139  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  30.3 
 
 
502 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  27.85 
 
 
583 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  26.51 
 
 
545 aa  137  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  26.47 
 
 
523 aa  137  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  25.78 
 
 
517 aa  137  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  27.4 
 
 
576 aa  137  7.000000000000001e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.75 
 
 
609 aa  136  9.999999999999999e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.44 
 
 
478 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  24.88 
 
 
513 aa  134  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  26.73 
 
 
576 aa  134  6e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  26.91 
 
 
497 aa  133  7.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  26.51 
 
 
501 aa  133  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  24.14 
 
 
488 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  29.97 
 
 
609 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  25.7 
 
 
521 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  26.85 
 
 
618 aa  133  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  26.21 
 
 
513 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 
608 aa  131  3e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.84 
 
 
518 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.07 
 
 
476 aa  130  9.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  26.17 
 
 
564 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  24.57 
 
 
487 aa  128  3e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.78 
 
 
513 aa  127  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  24.42 
 
 
521 aa  126  8.000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 
603 aa  126  9e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.56 
 
 
608 aa  126  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  27.19 
 
 
475 aa  125  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 
564 aa  124  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  28.34 
 
 
471 aa  123  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  25.64 
 
 
476 aa  123  9e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 
461 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  25.7 
 
 
489 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  25.97 
 
 
490 aa  121  3e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.86 
 
 
647 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  27.48 
 
 
469 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>