More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0353 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  100 
 
 
485 aa  992    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  30.9 
 
 
471 aa  205  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  31.87 
 
 
487 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  31.24 
 
 
488 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.73 
 
 
459 aa  190  4e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
470 aa  186  6e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  30.13 
 
 
489 aa  182  1e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.83 
 
 
472 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  30.96 
 
 
472 aa  177  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.78 
 
 
441 aa  176  9.999999999999999e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.88 
 
 
473 aa  173  5e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.99 
 
 
472 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  28.79 
 
 
501 aa  169  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.72 
 
 
528 aa  168  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.16 
 
 
441 aa  167  4e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.09 
 
 
527 aa  165  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  29.6 
 
 
506 aa  163  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  29.6 
 
 
506 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  29.35 
 
 
506 aa  160  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.42 
 
 
451 aa  160  7e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  27.65 
 
 
583 aa  158  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.23 
 
 
546 aa  155  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.03 
 
 
546 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  27.75 
 
 
494 aa  154  4e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  28.7 
 
 
494 aa  154  4e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.75 
 
 
494 aa  154  4e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.61 
 
 
546 aa  153  7e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.61 
 
 
546 aa  153  8e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  28.51 
 
 
494 aa  152  1e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  31.22 
 
 
458 aa  150  4e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.61 
 
 
547 aa  149  8e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.4 
 
 
546 aa  148  3e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.88 
 
 
600 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.29 
 
 
567 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.01 
 
 
535 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 
503 aa  146  6e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  27.02 
 
 
576 aa  146  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  27.86 
 
 
501 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.61 
 
 
546 aa  146  8.000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  28.27 
 
 
566 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.73 
 
 
548 aa  144  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.67 
 
 
612 aa  143  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.5 
 
 
565 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.67 
 
 
612 aa  143  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  30.31 
 
 
564 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.16 
 
 
558 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  29.32 
 
 
529 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.3 
 
 
524 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  28.68 
 
 
534 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  26.45 
 
 
576 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.86 
 
 
569 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.63 
 
 
484 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.57 
 
 
520 aa  140  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.8 
 
 
567 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  29.65 
 
 
462 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  26.78 
 
 
484 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.55 
 
 
580 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.39 
 
 
461 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  29.47 
 
 
424 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  27.01 
 
 
675 aa  136  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
424 aa  136  9e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 
476 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  27.91 
 
 
647 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 
502 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.17 
 
 
487 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  28.53 
 
 
556 aa  134  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.88 
 
 
518 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.77 
 
 
512 aa  133  7.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  27.46 
 
 
516 aa  133  7.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  28.46 
 
 
469 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.46 
 
 
651 aa  131  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.73 
 
 
651 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.73 
 
 
651 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.73 
 
 
647 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.73 
 
 
647 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  28.73 
 
 
647 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.75 
 
 
520 aa  130  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  26 
 
 
490 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  28.68 
 
 
533 aa  129  2.0000000000000002e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  25.47 
 
 
547 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  26.62 
 
 
552 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.47 
 
 
476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  24.07 
 
 
539 aa  127  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  29.62 
 
 
474 aa  127  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.09 
 
 
459 aa  127  6e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  28.09 
 
 
476 aa  127  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  27.23 
 
 
475 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  27.31 
 
 
471 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  26.89 
 
 
475 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  27.58 
 
 
489 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
473 aa  124  5e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 
521 aa  124  5e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  29.46 
 
 
452 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  26.91 
 
 
563 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.46 
 
 
554 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  26.14 
 
 
468 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.72 
 
 
488 aa  121  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.76 
 
 
647 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  29.79 
 
 
564 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  28.03 
 
 
631 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>