More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2963 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  81.26 
 
 		 475 aa  842    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  82.8 
 
 		 476 aa  843    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  79.41 
 
 		 473 aa  813    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 476 aa  994    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  82.95 
 
 		 475 aa  857    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  79.57 
 
 		 473 aa  814    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  81.72 
 
 		 476 aa  839    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  49.79 
 
 		 475 aa  497  1e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  48.21 
 
 		 501 aa  494  9.999999999999999e-139  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  48.94 
 
 		 473 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  48.94 
 
 		 473 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  48.94 
 
 		 481 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  49.36 
 
 		 476 aa  487  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  48.94 
 
 		 503 aa  487  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  49.36 
 
 		 476 aa  487  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  48.94 
 
 		 481 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  48.94 
 
 		 481 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  48.94 
 
 		 473 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  48.19 
 
 		 474 aa  482  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  48.39 
 
 		 470 aa  484  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  48.63 
 
 		 476 aa  481  1e-134  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  47.76 
 
 		 474 aa  478  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.66 
 
 		 473 aa  475  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  47.87 
 
 		 473 aa  478  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  47.66 
 
 		 473 aa  475  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  48.61 
 
 		 497 aa  477  1e-133  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  46.62 
 
 		 474 aa  476  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.56 
 
 		 478 aa  474  1e-132  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  49.79 
 
 		 473 aa  474  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  49.15 
 
 		 480 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  46.51 
 
 		 473 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  48.72 
 
 		 473 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  49.79 
 
 		 473 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  48.94 
 
 		 473 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  49.79 
 
 		 473 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  49.79 
 
 		 473 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.68 
 
 		 474 aa  463  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.45 
 
 		 479 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.45 
 
 		 479 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.53 
 
 		 474 aa  450  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.53 
 
 		 474 aa  450  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.53 
 
 		 474 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7154  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.4 
 
 		 479 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.535479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6339  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.19 
 
 		 479 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317674 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0973  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  45.19 
 
 		 477 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  35.85 
 
 		 490 aa  320  5e-86  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  36.27 
 
 		 485 aa  312  7.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  31.16 
 
 		 461 aa  187  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  32.37 
 
 		 576 aa  186  5e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  32.61 
 
 		 576 aa  186  7e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  32.13 
 
 		 583 aa  184  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.95 
 
 		 459 aa  172  2e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  31.71 
 
 		 489 aa  169  1e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  32.04 
 
 		 529 aa  167  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.24 
 
 		 470 aa  161  2e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  31.18 
 
 		 487 aa  159  8e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  32.29 
 
 		 564 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  26.98 
 
 		 471 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  33.24 
 
 		 520 aa  152  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  30.17 
 
 		 488 aa  150  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.51 
 
 		 441 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.45 
 
 		 472 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  28.07 
 
 		 472 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  30.72 
 
 		 566 aa  147  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.29 
 
 		 441 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  30.46 
 
 		 459 aa  144  4e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  27.54 
 
 		 489 aa  143  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.65 
 
 		 472 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  31.72 
 
 		 548 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.08 
 
 		 484 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  28.88 
 
 		 487 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  27.99 
 
 		 486 aa  141  3e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.31 
 
 		 473 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  30.42 
 
 		 524 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.22 
 
 		 535 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  31.82 
 
 		 518 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  31.5 
 
 		 556 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.02 
 
 		 485 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  28.75 
 
 		 516 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  32.01 
 
 		 426 aa  133  9e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.75 
 
 		 554 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  30.97 
 
 		 502 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  28.07 
 
 		 469 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  31.14 
 
 		 564 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.21 
 
 		 512 aa  129  9.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  29.85 
 
 		 501 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  31.02 
 
 		 506 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.98 
 
 		 501 aa  127  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.22 
 
 		 520 aa  127  6e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.06 
 
 		 567 aa  126  7e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  31.02 
 
 		 506 aa  126  7e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  29.94 
 
 		 563 aa  126  9e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  31.4 
 
 		 506 aa  126  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 		 468 aa  124  4e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.97 
 
 		 521 aa  124  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  30.15 
 
 		 864 aa  123  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.68 
 
 		 580 aa  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  26.35 
 
 		 723 aa  123  7e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  26.49 
 
 		 503 aa  123  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.56 
 
 		 451 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>