More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1369 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  60.29 
 
 
563 aa  663    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
556 aa  1149    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  56.62 
 
 
554 aa  617  1e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  55.03 
 
 
564 aa  589  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  55.15 
 
 
564 aa  567  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  49.9 
 
 
512 aa  494  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  44.47 
 
 
518 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  33.87 
 
 
470 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  32.97 
 
 
864 aa  212  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  33.06 
 
 
459 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  36.04 
 
 
488 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.69 
 
 
472 aa  196  9e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  36.76 
 
 
487 aa  195  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  31.61 
 
 
723 aa  192  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  30.29 
 
 
459 aa  191  4e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.66 
 
 
472 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  31.87 
 
 
489 aa  189  8e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  32.59 
 
 
520 aa  188  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  30.19 
 
 
473 aa  188  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  32.15 
 
 
484 aa  184  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  32.05 
 
 
461 aa  184  3e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 
472 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.53 
 
 
520 aa  179  9e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  29.58 
 
 
462 aa  178  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  31.69 
 
 
506 aa  176  9e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.61 
 
 
484 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.05 
 
 
535 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  27.72 
 
 
534 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  30.33 
 
 
506 aa  172  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  30.33 
 
 
506 aa  172  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.95 
 
 
548 aa  172  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 
501 aa  169  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.93 
 
 
487 aa  168  2.9999999999999998e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.8 
 
 
529 aa  167  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  29.63 
 
 
474 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.87 
 
 
494 aa  167  5.9999999999999996e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  32.04 
 
 
521 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  30.59 
 
 
494 aa  166  8e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.06 
 
 
569 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.34 
 
 
558 aa  164  5.0000000000000005e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.46 
 
 
565 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  29.51 
 
 
548 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  28.13 
 
 
612 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.13 
 
 
612 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  31.28 
 
 
473 aa  162  1e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.28 
 
 
567 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  29.02 
 
 
576 aa  161  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.9 
 
 
681 aa  162  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  29.04 
 
 
552 aa  160  4e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  28.54 
 
 
576 aa  160  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.13 
 
 
547 aa  160  6e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  31.3 
 
 
468 aa  160  7e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.32 
 
 
546 aa  159  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.28 
 
 
580 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.36 
 
 
547 aa  159  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.39 
 
 
441 aa  159  1e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.66 
 
 
600 aa  158  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  30 
 
 
461 aa  157  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  28.97 
 
 
494 aa  157  6e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  28.97 
 
 
494 aa  157  6e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.58 
 
 
546 aa  157  6e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  30.13 
 
 
441 aa  156  7e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.87 
 
 
546 aa  156  8e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.06 
 
 
546 aa  155  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.87 
 
 
546 aa  155  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  29.23 
 
 
503 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.03 
 
 
546 aa  155  2e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
469 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.42 
 
 
527 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.5 
 
 
647 aa  153  8e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  31.1 
 
 
451 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 
524 aa  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  27.87 
 
 
501 aa  151  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  28 
 
 
583 aa  151  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27 
 
 
528 aa  150  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.79 
 
 
473 aa  150  8e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  32.49 
 
 
473 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  29.2 
 
 
647 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  32.77 
 
 
450 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.2 
 
 
651 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  26.28 
 
 
488 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  30.62 
 
 
520 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.43 
 
 
674 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 
647 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  30.63 
 
 
502 aa  146  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.91 
 
 
647 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.3 
 
 
567 aa  145  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.91 
 
 
651 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  31.16 
 
 
1250 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.91 
 
 
647 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.91 
 
 
651 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.22 
 
 
485 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  30.94 
 
 
501 aa  145  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  27.79 
 
 
675 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  29.65 
 
 
475 aa  143  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  30.18 
 
 
475 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.63 
 
 
609 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.8 
 
 
485 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  26.53 
 
 
425 aa  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.6 
 
 
612 aa  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>