More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1168 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  100 
 
 
566 aa  1184    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  35.18 
 
 
524 aa  269  1e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  33.65 
 
 
520 aa  266  8e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  34.59 
 
 
502 aa  261  3e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  33.88 
 
 
487 aa  253  7e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  32.53 
 
 
521 aa  248  3e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.84 
 
 
472 aa  192  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.11 
 
 
472 aa  183  9.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.13 
 
 
472 aa  176  7e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.85 
 
 
473 aa  176  8e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.72 
 
 
459 aa  174  2.9999999999999996e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 
470 aa  171  5e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 
516 aa  167  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
555 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  25.6 
 
 
499 aa  159  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.84 
 
 
484 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  31.76 
 
 
475 aa  155  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  26.39 
 
 
471 aa  154  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  25.27 
 
 
618 aa  153  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.12 
 
 
488 aa  152  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.76 
 
 
487 aa  152  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  30.55 
 
 
475 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  30.72 
 
 
476 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  31.74 
 
 
476 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.27 
 
 
485 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  24.09 
 
 
555 aa  144  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.6 
 
 
441 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.66 
 
 
506 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.75 
 
 
476 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.56 
 
 
473 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.42 
 
 
506 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.87 
 
 
473 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25.26 
 
 
451 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  25.63 
 
 
548 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 
494 aa  138  2e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  28.65 
 
 
476 aa  137  6.0000000000000005e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  25.9 
 
 
506 aa  136  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  27.73 
 
 
631 aa  136  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.6 
 
 
501 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.68 
 
 
494 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.22 
 
 
494 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.22 
 
 
494 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  26 
 
 
450 aa  135  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0861  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.78 
 
 
561 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000604152  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  31.01 
 
 
497 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.81 
 
 
441 aa  134  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  23.64 
 
 
507 aa  133  9e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  26.22 
 
 
576 aa  133  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.46 
 
 
479 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.46 
 
 
479 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.42 
 
 
546 aa  131  4.0000000000000003e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.67 
 
 
558 aa  130  6e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  27.3 
 
 
501 aa  130  8.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  25.98 
 
 
459 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.49 
 
 
478 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  30.58 
 
 
475 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  23.23 
 
 
489 aa  128  3e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.28 
 
 
548 aa  128  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  25.95 
 
 
503 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 
576 aa  127  6e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 
520 aa  126  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.7 
 
 
546 aa  126  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  25.37 
 
 
529 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.42 
 
 
547 aa  125  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.18 
 
 
546 aa  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.63 
 
 
527 aa  125  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
518 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.24 
 
 
546 aa  124  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.45 
 
 
512 aa  123  8e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  25.64 
 
 
426 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.44 
 
 
535 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  24.82 
 
 
501 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  26.3 
 
 
556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.85 
 
 
528 aa  121  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 
583 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.7 
 
 
546 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.46 
 
 
546 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.52 
 
 
567 aa  120  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  26.35 
 
 
469 aa  120  7e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  25.46 
 
 
490 aa  120  7e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  24.76 
 
 
468 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 
489 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  25.44 
 
 
564 aa  118  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  25.22 
 
 
484 aa  118  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 
471 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  22.96 
 
 
1250 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.42 
 
 
520 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 
461 aa  115  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  24.94 
 
 
484 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  23.35 
 
 
534 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  25.06 
 
 
675 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.06 
 
 
533 aa  113  8.000000000000001e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25.53 
 
 
468 aa  113  8.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.71 
 
 
569 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.32 
 
 
474 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  21.96 
 
 
425 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.54 
 
 
580 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  26.13 
 
 
462 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.18 
 
 
600 aa  112  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  25.78 
 
 
553 aa  111  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>