More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3304 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  92.42 
 
 
488 aa  892    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  100 
 
 
487 aa  988    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  33.26 
 
 
459 aa  238  2e-61  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  33.79 
 
 
489 aa  233  7.000000000000001e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  33.89 
 
 
472 aa  223  7e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  37.5 
 
 
520 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  32.68 
 
 
470 aa  217  5e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  37.17 
 
 
512 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  34.15 
 
 
529 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 
576 aa  213  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  28.95 
 
 
576 aa  211  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  32.24 
 
 
472 aa  210  5e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  32.22 
 
 
473 aa  210  6e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.8 
 
 
485 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  34.38 
 
 
459 aa  207  3e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.49 
 
 
484 aa  204  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.39 
 
 
472 aa  203  5e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  29.18 
 
 
583 aa  201  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  29.82 
 
 
471 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  36.76 
 
 
556 aa  192  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.92 
 
 
567 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  32.74 
 
 
534 aa  186  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  33.97 
 
 
564 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  33.78 
 
 
518 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.25 
 
 
565 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.5 
 
 
580 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  29.2 
 
 
547 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  36.91 
 
 
554 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.5 
 
 
569 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.19 
 
 
461 aa  180  5.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.69 
 
 
520 aa  179  8e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  34.08 
 
 
563 aa  179  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  33.59 
 
 
548 aa  176  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.9 
 
 
600 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.51 
 
 
612 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  28.51 
 
 
612 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  30.42 
 
 
723 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.31 
 
 
548 aa  174  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  30.79 
 
 
484 aa  173  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.81 
 
 
558 aa  171  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  31.17 
 
 
462 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.76 
 
 
485 aa  169  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  30.7 
 
 
520 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.3 
 
 
441 aa  168  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  32.48 
 
 
553 aa  167  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  30.07 
 
 
441 aa  166  9e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  31.18 
 
 
476 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.46 
 
 
535 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  32.15 
 
 
564 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  27.72 
 
 
487 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  33.07 
 
 
497 aa  165  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.4 
 
 
494 aa  164  3e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.4 
 
 
494 aa  164  3e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  30.66 
 
 
461 aa  164  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.07 
 
 
476 aa  163  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  30.46 
 
 
489 aa  162  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  27.15 
 
 
488 aa  160  5e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  31.44 
 
 
618 aa  159  7e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  33.25 
 
 
451 aa  159  9e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.55 
 
 
528 aa  159  9e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  29.6 
 
 
524 aa  159  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  30.38 
 
 
475 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.28 
 
 
546 aa  159  1e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.03 
 
 
547 aa  159  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.71 
 
 
473 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  31.77 
 
 
502 aa  159  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  30.24 
 
 
476 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  30.07 
 
 
494 aa  158  2e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  30.73 
 
 
475 aa  157  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.03 
 
 
546 aa  157  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.03 
 
 
546 aa  157  4e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  30.32 
 
 
494 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.02 
 
 
546 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  27.76 
 
 
566 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  33.42 
 
 
444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.35 
 
 
478 aa  156  6e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  30.81 
 
 
864 aa  156  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.93 
 
 
527 aa  156  8e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2894  radical SAM family protein  34.34 
 
 
613 aa  155  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.80419 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.68 
 
 
567 aa  155  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  29.12 
 
 
450 aa  155  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.2 
 
 
473 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.27 
 
 
546 aa  154  4e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.61 
 
 
674 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  33.33 
 
 
677 aa  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.25 
 
 
479 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  28.87 
 
 
552 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.75 
 
 
608 aa  152  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.25 
 
 
479 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.27 
 
 
546 aa  152  2e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  28.38 
 
 
501 aa  151  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  30 
 
 
473 aa  151  3e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  30.95 
 
 
452 aa  150  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  28.95 
 
 
533 aa  150  4e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  30.41 
 
 
501 aa  150  7e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  29.43 
 
 
521 aa  149  9e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  32.77 
 
 
608 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  33.05 
 
 
681 aa  149  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  29.11 
 
 
469 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  32.72 
 
 
458 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>