More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_1243 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
533 aa  1101    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  33.8 
 
 
489 aa  218  2e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  31.99 
 
 
470 aa  217  2.9999999999999998e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  32.21 
 
 
459 aa  213  9e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  32.05 
 
 
451 aa  197  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.01 
 
 
441 aa  192  1e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  32.29 
 
 
441 aa  187  4e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  31.76 
 
 
452 aa  179  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  30.52 
 
 
513 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  29.66 
 
 
503 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  29.48 
 
 
506 aa  173  9e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  29.48 
 
 
506 aa  171  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  31.44 
 
 
461 aa  170  5e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  29.79 
 
 
468 aa  170  6e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  29.72 
 
 
501 aa  169  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  30.16 
 
 
472 aa  168  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.11 
 
 
506 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  28.02 
 
 
501 aa  167  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  29.84 
 
 
488 aa  167  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  29.89 
 
 
472 aa  167  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  30.26 
 
 
529 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.97 
 
 
473 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.38 
 
 
513 aa  163  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.19 
 
 
515 aa  162  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.67 
 
 
546 aa  160  4e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.53 
 
 
609 aa  159  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  29.4 
 
 
517 aa  159  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.45 
 
 
546 aa  158  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 
487 aa  158  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  29.28 
 
 
484 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  29.57 
 
 
521 aa  157  6e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.12 
 
 
472 aa  155  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.02 
 
 
546 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  29.08 
 
 
513 aa  154  4e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  28.3 
 
 
502 aa  153  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.45 
 
 
546 aa  153  7e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.17 
 
 
548 aa  153  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.05 
 
 
567 aa  153  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.26 
 
 
558 aa  152  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  29.89 
 
 
488 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.81 
 
 
546 aa  152  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.38 
 
 
547 aa  151  3e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.94 
 
 
472 aa  151  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  28.74 
 
 
456 aa  151  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 
520 aa  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 
520 aa  150  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.83 
 
 
580 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  28.86 
 
 
523 aa  150  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  29.37 
 
 
444 aa  150  5e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.59 
 
 
546 aa  149  9e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  29.59 
 
 
446 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.24 
 
 
494 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 
502 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  30.91 
 
 
608 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 
521 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.24 
 
 
494 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.13 
 
 
524 aa  147  5e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.39 
 
 
565 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.99 
 
 
569 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  29.58 
 
 
487 aa  147  5e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  28.16 
 
 
518 aa  147  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  27.59 
 
 
474 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.35 
 
 
494 aa  146  7.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.6 
 
 
494 aa  146  1e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.57 
 
 
508 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  28.95 
 
 
487 aa  144  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  25.86 
 
 
471 aa  144  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  27.4 
 
 
484 aa  143  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.83 
 
 
508 aa  143  9e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  29.58 
 
 
469 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.75 
 
 
547 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  30.91 
 
 
609 aa  140  7e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  27.71 
 
 
469 aa  138  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  29.67 
 
 
429 aa  139  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.84 
 
 
612 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  24.84 
 
 
612 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  30.58 
 
 
603 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 
552 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.83 
 
 
535 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.3 
 
 
612 aa  136  8e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  28.36 
 
 
471 aa  136  8e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.18 
 
 
674 aa  136  8e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 
507 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.45 
 
 
478 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  24.95 
 
 
583 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.25 
 
 
516 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  28.2 
 
 
501 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  24.68 
 
 
576 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  25 
 
 
534 aa  135  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  23.45 
 
 
576 aa  134  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.5 
 
 
600 aa  134  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.85 
 
 
567 aa  134  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  29.79 
 
 
444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.09 
 
 
459 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.47 
 
 
608 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  27.27 
 
 
553 aa  131  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  28.1 
 
 
476 aa  130  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.84 
 
 
527 aa  130  7.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.55 
 
 
520 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.63 
 
 
428 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>