More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3364 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  94.5 
 
 
564 aa  1012    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  100 
 
 
564 aa  1135    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  56.72 
 
 
563 aa  608  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  54.97 
 
 
556 aa  598  1e-169  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  55.11 
 
 
554 aa  570  1e-161  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  48.56 
 
 
512 aa  459  9.999999999999999e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  47.32 
 
 
518 aa  436  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  30.42 
 
 
864 aa  225  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  34.73 
 
 
472 aa  209  8e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  33.83 
 
 
472 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  32.64 
 
 
472 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  34.26 
 
 
488 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  33.16 
 
 
459 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  31.27 
 
 
459 aa  196  8.000000000000001e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.79 
 
 
484 aa  193  8e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  29.91 
 
 
470 aa  192  2e-47  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  32.69 
 
 
489 aa  192  2e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  33.42 
 
 
473 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  35.76 
 
 
520 aa  189  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  33.55 
 
 
487 aa  187  5e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  31.69 
 
 
529 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  30.65 
 
 
487 aa  182  2e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  31.98 
 
 
723 aa  178  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  32.25 
 
 
502 aa  178  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  29.31 
 
 
462 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  31.75 
 
 
484 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  32.35 
 
 
520 aa  170  8e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  32.08 
 
 
521 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  34.45 
 
 
473 aa  168  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 
552 aa  168  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  30.75 
 
 
1250 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.66 
 
 
674 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.83 
 
 
681 aa  163  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  31.76 
 
 
503 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.94 
 
 
647 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  31.2 
 
 
441 aa  162  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.48 
 
 
441 aa  162  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  32.62 
 
 
647 aa  162  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  34.33 
 
 
451 aa  162  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 
471 aa  161  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  32.13 
 
 
677 aa  160  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  36.18 
 
 
450 aa  160  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  33.54 
 
 
647 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  30.65 
 
 
524 aa  159  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  31.02 
 
 
506 aa  159  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33.23 
 
 
651 aa  157  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  28.8 
 
 
501 aa  157  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  30.68 
 
 
506 aa  157  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  31.02 
 
 
506 aa  157  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  27.03 
 
 
576 aa  157  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33.23 
 
 
651 aa  156  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33.23 
 
 
647 aa  156  8e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33.23 
 
 
647 aa  156  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33.23 
 
 
651 aa  156  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  29.53 
 
 
461 aa  156  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.03 
 
 
535 aa  156  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.55 
 
 
534 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.71 
 
 
494 aa  154  4e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  34.81 
 
 
501 aa  154  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.45 
 
 
494 aa  154  4e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.9 
 
 
520 aa  154  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  26.4 
 
 
576 aa  154  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  28.53 
 
 
548 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  31.14 
 
 
476 aa  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  29.32 
 
 
501 aa  153  8.999999999999999e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.28 
 
 
558 aa  152  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.47 
 
 
548 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.45 
 
 
473 aa  150  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 
494 aa  150  7e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 
494 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  26.9 
 
 
488 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.86 
 
 
473 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  27 
 
 
583 aa  147  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.79 
 
 
485 aa  146  9e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 
468 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  29.43 
 
 
476 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.66 
 
 
476 aa  144  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.17 
 
 
569 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.64 
 
 
567 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.18 
 
 
580 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  28.21 
 
 
475 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.52 
 
 
567 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.03 
 
 
565 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.36 
 
 
546 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  26.75 
 
 
475 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  32.29 
 
 
581 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.74 
 
 
546 aa  140  7e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  32.25 
 
 
497 aa  140  7.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.42 
 
 
546 aa  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  28.49 
 
 
547 aa  139  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.57 
 
 
600 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  30.39 
 
 
507 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  31.23 
 
 
608 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  28.35 
 
 
555 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  28.39 
 
 
474 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  28.13 
 
 
612 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.13 
 
 
612 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 
490 aa  137  4e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.56 
 
 
612 aa  137  4e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  31.82 
 
 
475 aa  137  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>