More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0138 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  71.93 
 
 
608 aa  919    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  56.93 
 
 
612 aa  692    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  63.67 
 
 
609 aa  796    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  66 
 
 
609 aa  831    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  57.69 
 
 
603 aa  707    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  100 
 
 
608 aa  1259    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
459 aa  195  3e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  32.88 
 
 
484 aa  186  8e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  34.53 
 
 
489 aa  183  6e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  34.17 
 
 
488 aa  171  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.4 
 
 
558 aa  168  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  28.01 
 
 
474 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.5 
 
 
520 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.34 
 
 
569 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.42 
 
 
451 aa  162  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  28.57 
 
 
534 aa  161  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  32.28 
 
 
441 aa  159  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.28 
 
 
441 aa  158  4e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  32.22 
 
 
488 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  30.28 
 
 
506 aa  157  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 
503 aa  156  8e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  30.28 
 
 
506 aa  155  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.29 
 
 
535 aa  155  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.17 
 
 
565 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.45 
 
 
580 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  29.72 
 
 
506 aa  154  5e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.32 
 
 
548 aa  154  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.33 
 
 
567 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.52 
 
 
567 aa  150  5e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  30.91 
 
 
533 aa  149  2.0000000000000003e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  28.1 
 
 
501 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  32.77 
 
 
487 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  29.59 
 
 
487 aa  147  6e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  30.37 
 
 
494 aa  146  9e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.78 
 
 
484 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  30.37 
 
 
494 aa  144  7e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  30.02 
 
 
461 aa  143  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  28.06 
 
 
501 aa  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  27.25 
 
 
547 aa  141  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 
471 aa  140  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.97 
 
 
470 aa  140  6e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  31.15 
 
 
520 aa  140  8.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  30.47 
 
 
494 aa  139  1e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  30.47 
 
 
494 aa  139  1e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 
524 aa  139  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.2 
 
 
600 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  28.85 
 
 
612 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  27.15 
 
 
675 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.85 
 
 
612 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  28.94 
 
 
459 aa  137  7.000000000000001e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.43 
 
 
473 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  30.46 
 
 
444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.87 
 
 
546 aa  134  3e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.97 
 
 
472 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  27.21 
 
 
502 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.32 
 
 
547 aa  131  3e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.18 
 
 
520 aa  131  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.53 
 
 
546 aa  131  4.0000000000000003e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.32 
 
 
546 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.05 
 
 
546 aa  130  8.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  30.49 
 
 
518 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  30.59 
 
 
468 aa  127  4.0000000000000003e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  32.33 
 
 
556 aa  127  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  31.07 
 
 
439 aa  127  6e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.28 
 
 
527 aa  127  6e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  32.28 
 
 
489 aa  126  9e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  28.2 
 
 
548 aa  126  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.5 
 
 
466 aa  126  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  28.13 
 
 
452 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  28.6 
 
 
469 aa  124  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.42 
 
 
472 aa  124  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  25.95 
 
 
456 aa  124  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.23 
 
 
546 aa  124  6e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  31.71 
 
 
577 aa  124  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  29.25 
 
 
521 aa  124  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.03 
 
 
528 aa  123  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  30.43 
 
 
428 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.05 
 
 
472 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.84 
 
 
546 aa  122  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.14 
 
 
461 aa  122  3e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  30.64 
 
 
468 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  27.37 
 
 
529 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  30.7 
 
 
429 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  26.68 
 
 
472 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31 
 
 
516 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  30.47 
 
 
564 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  25.96 
 
 
462 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  30.67 
 
 
572 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  28.03 
 
 
428 aa  118  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  30.89 
 
 
564 aa  117  8.999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  27.82 
 
 
465 aa  117  8.999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  28.49 
 
 
430 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  26.85 
 
 
472 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.45 
 
 
508 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.82 
 
 
512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  25.13 
 
 
425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
426 aa  115  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  25.86 
 
 
552 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 
426 aa  114  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  25.72 
 
 
468 aa  114  7.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>