More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2433 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  67.54 
 
 
524 aa  723    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  70.93 
 
 
520 aa  755    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  67.6 
 
 
521 aa  724    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
502 aa  1041    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  34.17 
 
 
487 aa  303  6.000000000000001e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  34.59 
 
 
566 aa  261  3e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  31.81 
 
 
459 aa  222  9.999999999999999e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  31.01 
 
 
516 aa  216  5e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  31.67 
 
 
618 aa  202  9e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.44 
 
 
472 aa  192  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  30.9 
 
 
470 aa  191  2e-47  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  32.23 
 
 
471 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.42 
 
 
472 aa  187  5e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  28.8 
 
 
555 aa  183  6e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.53 
 
 
472 aa  179  8e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  29.64 
 
 
529 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.27 
 
 
473 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  28.26 
 
 
468 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.86 
 
 
484 aa  172  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  28.48 
 
 
631 aa  169  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  28.31 
 
 
507 aa  168  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  29.36 
 
 
469 aa  168  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  31.39 
 
 
489 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  30.73 
 
 
520 aa  168  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.38 
 
 
451 aa  167  4e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  32.25 
 
 
564 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  26.23 
 
 
503 aa  160  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  28.61 
 
 
555 aa  160  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  29.27 
 
 
488 aa  160  7e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  33.24 
 
 
674 aa  159  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  28.69 
 
 
471 aa  157  3e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  31.77 
 
 
487 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  30.3 
 
 
548 aa  157  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.81 
 
 
512 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.62 
 
 
546 aa  151  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  30.81 
 
 
564 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  26.94 
 
 
506 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  26.94 
 
 
506 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.07 
 
 
518 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  26.7 
 
 
506 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 
533 aa  148  2.0000000000000003e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  27.45 
 
 
474 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.31 
 
 
501 aa  147  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  29.15 
 
 
444 aa  147  6e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.27 
 
 
546 aa  146  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.56 
 
 
554 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.16 
 
 
441 aa  145  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  31.71 
 
 
576 aa  145  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.47 
 
 
558 aa  144  3e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  25.36 
 
 
501 aa  144  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  31.71 
 
 
576 aa  144  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.11 
 
 
547 aa  144  5e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.45 
 
 
459 aa  143  6e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.4 
 
 
494 aa  143  6e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.4 
 
 
494 aa  143  6e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0861  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.7 
 
 
561 aa  143  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000604152  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  26.07 
 
 
723 aa  143  8e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  27.09 
 
 
425 aa  142  9e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.28 
 
 
546 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29 
 
 
546 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 
461 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.94 
 
 
441 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.83 
 
 
546 aa  141  3e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  28.42 
 
 
499 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.54 
 
 
563 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  26.38 
 
 
501 aa  140  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30 
 
 
677 aa  140  6e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.82 
 
 
520 aa  140  7e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  29.23 
 
 
462 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  31.93 
 
 
450 aa  139  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.29 
 
 
567 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.6 
 
 
488 aa  139  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.07 
 
 
612 aa  138  2e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.3 
 
 
546 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.18 
 
 
681 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  28.31 
 
 
494 aa  137  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.63 
 
 
569 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  30.63 
 
 
556 aa  137  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  30 
 
 
609 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.82 
 
 
528 aa  137  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.18 
 
 
527 aa  137  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  28.31 
 
 
494 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  28.95 
 
 
675 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  31.08 
 
 
475 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  30.85 
 
 
583 aa  136  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.58 
 
 
567 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  28.72 
 
 
473 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.14 
 
 
485 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.98 
 
 
580 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.97 
 
 
548 aa  133  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 
608 aa  133  9e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  28.68 
 
 
484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  30.97 
 
 
476 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 
489 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  31.75 
 
 
476 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  30.38 
 
 
475 aa  131  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26.02 
 
 
468 aa  131  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  25.27 
 
 
501 aa  131  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30 
 
 
476 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.12 
 
 
534 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>