More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3504 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  100 
 
 
677 aa  1363    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  62.33 
 
 
674 aa  807    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  54.42 
 
 
681 aa  713    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  30.79 
 
 
723 aa  217  5e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  31.64 
 
 
459 aa  191  4e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.59 
 
 
647 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  30.32 
 
 
647 aa  181  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.22 
 
 
651 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  32.21 
 
 
473 aa  173  1e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.86 
 
 
651 aa  172  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  29.98 
 
 
647 aa  172  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.86 
 
 
651 aa  172  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.98 
 
 
647 aa  172  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.98 
 
 
647 aa  172  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  34.7 
 
 
472 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  31.93 
 
 
470 aa  171  3e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  35.52 
 
 
472 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  34.74 
 
 
488 aa  164  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  32.39 
 
 
564 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  31.54 
 
 
529 aa  158  4e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  31.16 
 
 
548 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.52 
 
 
512 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
487 aa  153  8.999999999999999e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  34.39 
 
 
520 aa  153  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  31.25 
 
 
518 aa  152  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.24 
 
 
484 aa  151  5e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  33.06 
 
 
473 aa  150  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  31.58 
 
 
489 aa  150  6e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  31.18 
 
 
461 aa  150  8e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  32.97 
 
 
472 aa  150  9e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.73 
 
 
563 aa  146  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  31 
 
 
474 aa  146  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 
681 aa  145  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  29.29 
 
 
459 aa  144  4e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  29.18 
 
 
501 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.2 
 
 
554 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 
524 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 
502 aa  140  7.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  29.87 
 
 
503 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  26.77 
 
 
471 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  29.07 
 
 
501 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  29.27 
 
 
864 aa  139  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  32.13 
 
 
564 aa  139  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  29.09 
 
 
552 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.77 
 
 
556 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  29.53 
 
 
1250 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 
506 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  30.02 
 
 
520 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  28.27 
 
 
506 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.38 
 
 
494 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  28.27 
 
 
506 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  29.38 
 
 
494 aa  134  5e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.89 
 
 
521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.25 
 
 
441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.57 
 
 
565 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.26 
 
 
580 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.58 
 
 
494 aa  130  9.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.58 
 
 
494 aa  130  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 
441 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  27.51 
 
 
534 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.05 
 
 
569 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.44 
 
 
567 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.46 
 
 
520 aa  125  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.7 
 
 
558 aa  124  8e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.12 
 
 
567 aa  123  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 
576 aa  123  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  25.39 
 
 
425 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.06 
 
 
533 aa  122  3e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.51 
 
 
548 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  28.07 
 
 
451 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.06 
 
 
612 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.06 
 
 
612 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.6 
 
 
600 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  28.1 
 
 
484 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  28.46 
 
 
553 aa  118  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.63 
 
 
535 aa  117  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  26.91 
 
 
501 aa  117  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  27.06 
 
 
547 aa  117  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.54 
 
 
508 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  27.54 
 
 
583 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  26.93 
 
 
576 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.03 
 
 
444 aa  115  3e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
488 aa  115  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.08 
 
 
468 aa  113  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.11 
 
 
546 aa  111  3e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  30.05 
 
 
557 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  27.55 
 
 
555 aa  111  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.84 
 
 
547 aa  110  7.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.32 
 
 
546 aa  110  8.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  30.18 
 
 
569 aa  110  9.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  32.39 
 
 
584 aa  110  9.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  27.11 
 
 
450 aa  110  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2894  radical SAM family protein  29.08 
 
 
613 aa  110  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.80419 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.08 
 
 
487 aa  110  1e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.54 
 
 
488 aa  110  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  26.23 
 
 
484 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  29.76 
 
 
557 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  27.4 
 
 
501 aa  108  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  25.21 
 
 
468 aa  106  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.32 
 
 
546 aa  106  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>