More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2687 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  75.59 
 
 
508 aa  746    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  100 
 
 
508 aa  1035    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  80.04 
 
 
516 aa  812    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.32 
 
 
567 aa  196  7e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  35.1 
 
 
520 aa  194  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  32.56 
 
 
506 aa  192  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  33.14 
 
 
474 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  31.13 
 
 
675 aa  190  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  32.31 
 
 
506 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  32.05 
 
 
506 aa  189  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  32.56 
 
 
501 aa  189  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.06 
 
 
546 aa  189  1e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  32.82 
 
 
503 aa  188  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  30.68 
 
 
488 aa  188  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.84 
 
 
580 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.21 
 
 
546 aa  186  7e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.82 
 
 
528 aa  186  9e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.34 
 
 
565 aa  184  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.1 
 
 
548 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.82 
 
 
546 aa  183  6e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.84 
 
 
567 aa  183  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.57 
 
 
527 aa  183  7e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  31.43 
 
 
534 aa  183  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  30.24 
 
 
547 aa  182  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.59 
 
 
546 aa  180  5.999999999999999e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.35 
 
 
546 aa  180  5.999999999999999e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.35 
 
 
546 aa  180  5.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  32.21 
 
 
501 aa  179  7e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.74 
 
 
600 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.5 
 
 
547 aa  179  1e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.55 
 
 
558 aa  177  3e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  31.12 
 
 
612 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.12 
 
 
612 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.79 
 
 
535 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.85 
 
 
569 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.57 
 
 
533 aa  146  1e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
451 aa  143  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  26.35 
 
 
521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  26.65 
 
 
545 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  27.2 
 
 
513 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.14 
 
 
459 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.21 
 
 
513 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  25.33 
 
 
470 aa  126  9e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
513 aa  125  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.11 
 
 
441 aa  125  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.49 
 
 
681 aa  124  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  25.76 
 
 
472 aa  123  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.47 
 
 
472 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.79 
 
 
515 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  24.89 
 
 
441 aa  121  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  27.64 
 
 
473 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 
517 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  25.8 
 
 
489 aa  118  3e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.37 
 
 
609 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 
488 aa  117  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.54 
 
 
677 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.11 
 
 
472 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  29.45 
 
 
608 aa  116  8.999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  26.42 
 
 
609 aa  114  3e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.85 
 
 
612 aa  113  7.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.19 
 
 
484 aa  113  9e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  28.67 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 
529 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 
564 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.96 
 
 
674 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  28.26 
 
 
487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  27.2 
 
 
523 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.12 
 
 
512 aa  110  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  27.72 
 
 
564 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.07 
 
 
494 aa  108  3e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.07 
 
 
494 aa  108  3e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  27.64 
 
 
502 aa  107  6e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 
494 aa  105  1e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  26.68 
 
 
556 aa  106  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 
458 aa  104  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  25.58 
 
 
494 aa  103  5e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  22.42 
 
 
552 aa  103  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 
518 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  26.05 
 
 
548 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.07 
 
 
520 aa  101  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
603 aa  100  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  25.53 
 
 
484 aa  99.8  1e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 
502 aa  99  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.21 
 
 
608 aa  98.6  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  24.6 
 
 
490 aa  98.6  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  26.39 
 
 
864 aa  97.4  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  23.89 
 
 
473 aa  97.1  6e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
468 aa  97.1  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  25.7 
 
 
452 aa  96.3  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  25.2 
 
 
553 aa  95.5  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 
520 aa  95.1  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.06 
 
 
563 aa  94.7  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  24.68 
 
 
489 aa  93.6  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  23.31 
 
 
468 aa  93.2  9e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  25.63 
 
 
590 aa  92.8  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 
461 aa  91.3  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  24.77 
 
 
521 aa  91.3  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  26.4 
 
 
618 aa  90.9  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  22.02 
 
 
584 aa  91.3  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  25.27 
 
 
528 aa  90.5  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>