More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0515 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  57.69 
 
 
608 aa  707    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  54.84 
 
 
609 aa  681    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  56.46 
 
 
609 aa  702    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  59.54 
 
 
608 aa  735    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  100 
 
 
603 aa  1239    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  52.8 
 
 
612 aa  626  1e-178  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  35.09 
 
 
489 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  30.73 
 
 
459 aa  186  1.0000000000000001e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  27.74 
 
 
474 aa  177  7e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.6 
 
 
451 aa  172  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  29.86 
 
 
484 aa  155  2e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  29.89 
 
 
441 aa  152  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.63 
 
 
441 aa  150  9e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 
488 aa  146  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.22 
 
 
484 aa  142  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  30.99 
 
 
494 aa  140  7e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  27.21 
 
 
470 aa  140  7.999999999999999e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  31.29 
 
 
494 aa  139  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.42 
 
 
520 aa  139  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  30.58 
 
 
533 aa  138  4e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 
501 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  30.44 
 
 
520 aa  137  8e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  24.8 
 
 
503 aa  136  9e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.18 
 
 
461 aa  136  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.7 
 
 
569 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  29.27 
 
 
444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.53 
 
 
548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  27.89 
 
 
487 aa  134  6e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  27.16 
 
 
506 aa  134  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 
524 aa  133  9e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.04 
 
 
534 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 
506 aa  131  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  29.66 
 
 
529 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  28.53 
 
 
494 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  28.53 
 
 
494 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  26.9 
 
 
506 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.62 
 
 
558 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  30.05 
 
 
469 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.65 
 
 
535 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 
502 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.84 
 
 
487 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.1 
 
 
546 aa  128  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  25.86 
 
 
472 aa  128  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.1 
 
 
546 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.68 
 
 
547 aa  127  5e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.23 
 
 
565 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.99 
 
 
521 aa  127  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.48 
 
 
567 aa  127  6e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  30.29 
 
 
488 aa  127  6e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  29.04 
 
 
471 aa  127  7e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  28.07 
 
 
612 aa  126  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.07 
 
 
612 aa  126  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.38 
 
 
580 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.82 
 
 
546 aa  126  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.63 
 
 
547 aa  126  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  25.37 
 
 
501 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  28.44 
 
 
459 aa  125  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.15 
 
 
567 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.33 
 
 
472 aa  124  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.27 
 
 
546 aa  124  6e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  25.4 
 
 
472 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.55 
 
 
472 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.61 
 
 
600 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  29.51 
 
 
548 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.93 
 
 
556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.75 
 
 
472 aa  122  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
473 aa  121  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.4 
 
 
546 aa  120  6e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  26.49 
 
 
439 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.71 
 
 
468 aa  120  9e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.14 
 
 
546 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  29.08 
 
 
444 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.57 
 
 
520 aa  117  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  30.9 
 
 
426 aa  117  6e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  27.3 
 
 
675 aa  117  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  27.63 
 
 
433 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.57 
 
 
466 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  27.94 
 
 
428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  26.72 
 
 
467 aa  113  8.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.75 
 
 
563 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  30.94 
 
 
564 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  28.93 
 
 
518 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.01 
 
 
465 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  26.19 
 
 
462 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.33 
 
 
462 aa  109  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  26.55 
 
 
468 aa  108  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.58 
 
 
471 aa  108  3e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  26.15 
 
 
468 aa  108  4e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  27.78 
 
 
467 aa  108  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.51 
 
 
681 aa  107  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  28.38 
 
 
473 aa  107  7e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.84 
 
 
527 aa  107  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  26.08 
 
 
430 aa  106  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.5 
 
 
461 aa  106  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  25.54 
 
 
456 aa  106  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.36 
 
 
478 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  25.29 
 
 
864 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 
444 aa  105  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  27.49 
 
 
469 aa  105  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.77 
 
 
528 aa  105  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>