More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3239 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  66.54 
 
 
515 aa  728    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  63.94 
 
 
521 aa  701    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  67.38 
 
 
517 aa  734    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  100 
 
 
513 aa  1056    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  69.4 
 
 
513 aa  759    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  68.23 
 
 
513 aa  753    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  56.56 
 
 
523 aa  618  1e-176  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  56.76 
 
 
487 aa  580  1e-164  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  56.62 
 
 
502 aa  578  1.0000000000000001e-163  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  31.65 
 
 
452 aa  233  7.000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  31.19 
 
 
456 aa  212  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  28.35 
 
 
469 aa  189  7e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 
487 aa  188  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  27.33 
 
 
475 aa  177  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  29.08 
 
 
533 aa  154  4e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.01 
 
 
441 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.01 
 
 
441 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.1 
 
 
501 aa  140  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.34 
 
 
451 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.47 
 
 
567 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.88 
 
 
546 aa  134  5e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  25.68 
 
 
501 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.85 
 
 
516 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  25.49 
 
 
503 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.9 
 
 
546 aa  131  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  26.93 
 
 
474 aa  131  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.83 
 
 
546 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.23 
 
 
508 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.12 
 
 
547 aa  130  6e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.28 
 
 
546 aa  130  6e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.9 
 
 
546 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  25.9 
 
 
534 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.14 
 
 
520 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.83 
 
 
546 aa  128  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.22 
 
 
527 aa  128  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.24 
 
 
565 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.94 
 
 
506 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  24.94 
 
 
506 aa  127  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  24.94 
 
 
506 aa  127  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.53 
 
 
567 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.22 
 
 
528 aa  125  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.28 
 
 
508 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  25.39 
 
 
675 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.77 
 
 
580 aa  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  26.08 
 
 
489 aa  123  8e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.15 
 
 
535 aa  123  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 
488 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.59 
 
 
558 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.83 
 
 
600 aa  121  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.93 
 
 
569 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.65 
 
 
612 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.65 
 
 
612 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 
459 aa  114  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.54 
 
 
548 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.09 
 
 
488 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  24.54 
 
 
547 aa  110  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.25 
 
 
485 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  24.08 
 
 
470 aa  108  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  28.31 
 
 
573 aa  108  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 
487 aa  107  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  28.19 
 
 
577 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.21 
 
 
529 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.16 
 
 
473 aa  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 
433 aa  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  28.62 
 
 
545 aa  105  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  25.19 
 
 
446 aa  105  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  30.16 
 
 
476 aa  103  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  27.27 
 
 
553 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  27.76 
 
 
472 aa  100  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.37 
 
 
468 aa  99.8  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  25.14 
 
 
484 aa  99.8  1e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
472 aa  98.6  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  27.51 
 
 
572 aa  99  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.11 
 
 
524 aa  98.6  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  24.13 
 
 
461 aa  98.2  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.67 
 
 
473 aa  97.1  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  27.3 
 
 
475 aa  96.7  9e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  25.42 
 
 
475 aa  95.9  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.48 
 
 
473 aa  95.1  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
520 aa  94.7  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  23.97 
 
 
495 aa  92.8  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  25.99 
 
 
520 aa  91.3  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.71 
 
 
478 aa  90.5  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.63 
 
 
472 aa  90.5  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  26.27 
 
 
471 aa  90.1  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  29.77 
 
 
497 aa  90.1  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  23.71 
 
 
502 aa  89.7  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  24.82 
 
 
444 aa  89.7  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 
476 aa  88.2  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 
471 aa  87.8  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  27.38 
 
 
490 aa  87.8  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  26.75 
 
 
430 aa  87  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  24.2 
 
 
429 aa  87  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.53 
 
 
554 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.48 
 
 
476 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  28.62 
 
 
471 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  28.62 
 
 
471 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.29 
 
 
479 aa  85.9  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  22.49 
 
 
487 aa  85.9  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  25.53 
 
 
461 aa  85.9  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>