More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1165 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  82.81 
 
 
501 aa  884    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  100 
 
 
506 aa  1051    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  79.56 
 
 
503 aa  841    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  77.06 
 
 
501 aa  821    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  96.84 
 
 
506 aa  1024    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  99.6 
 
 
506 aa  1047    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  44.42 
 
 
474 aa  424  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  39.35 
 
 
488 aa  370  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.02 
 
 
546 aa  324  3e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.02 
 
 
546 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.48 
 
 
546 aa  319  7e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.46 
 
 
546 aa  319  7.999999999999999e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.8 
 
 
547 aa  318  2e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.55 
 
 
527 aa  316  8e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.36 
 
 
546 aa  315  9.999999999999999e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.36 
 
 
546 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.63 
 
 
528 aa  314  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.85 
 
 
548 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  39.59 
 
 
558 aa  308  1.0000000000000001e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.42 
 
 
567 aa  307  3e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  37.5 
 
 
547 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.88 
 
 
535 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.5 
 
 
580 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  39.26 
 
 
520 aa  301  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  38.94 
 
 
534 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.5 
 
 
567 aa  300  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.72 
 
 
565 aa  299  9e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.05 
 
 
600 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  37.05 
 
 
612 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.05 
 
 
612 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.5 
 
 
569 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  37.31 
 
 
675 aa  296  6e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  30.45 
 
 
459 aa  218  2e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.05 
 
 
508 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  30.87 
 
 
489 aa  186  6e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  33.33 
 
 
508 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.91 
 
 
451 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
470 aa  176  9.999999999999999e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27 
 
 
516 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.6 
 
 
512 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  29.48 
 
 
533 aa  173  7.999999999999999e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  30.33 
 
 
556 aa  168  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  28.16 
 
 
487 aa  167  4e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.45 
 
 
461 aa  165  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  33.64 
 
 
518 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.6 
 
 
485 aa  163  7e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  31.06 
 
 
494 aa  158  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  31.06 
 
 
494 aa  158  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  30.28 
 
 
608 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.68 
 
 
563 aa  155  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.34 
 
 
441 aa  155  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  29.81 
 
 
524 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.57 
 
 
441 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 
564 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.2 
 
 
529 aa  152  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.53 
 
 
554 aa  152  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.71 
 
 
609 aa  152  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
520 aa  150  7e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.8 
 
 
608 aa  149  8e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.7 
 
 
494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  30.25 
 
 
494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  26.57 
 
 
456 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.25 
 
 
612 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 
502 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 
609 aa  147  3e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  27.32 
 
 
545 aa  147  6e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.33 
 
 
472 aa  144  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.16 
 
 
472 aa  144  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.18 
 
 
521 aa  143  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.35 
 
 
485 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  25.36 
 
 
459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  25.66 
 
 
566 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.88 
 
 
487 aa  141  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  29.82 
 
 
564 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.33 
 
 
472 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 
484 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  25 
 
 
548 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.37 
 
 
471 aa  138  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  25.87 
 
 
520 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  28.07 
 
 
484 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.11 
 
 
681 aa  138  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 
472 aa  137  5e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.58 
 
 
476 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.27 
 
 
677 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  26.3 
 
 
472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 
603 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  28.71 
 
 
517 aa  131  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.37 
 
 
513 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  26.77 
 
 
488 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  24.94 
 
 
513 aa  127  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  31.02 
 
 
476 aa  127  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  28.86 
 
 
489 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 
468 aa  124  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  27.82 
 
 
502 aa  124  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 
476 aa  124  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  27.23 
 
 
484 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.12 
 
 
515 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.16 
 
 
473 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.96 
 
 
484 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  30.4 
 
 
475 aa  121  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>