More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1150 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  100 
 
 
475 aa  995    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  81.26 
 
 
476 aa  842    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  93.05 
 
 
475 aa  938    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  73.67 
 
 
473 aa  765    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  73.56 
 
 
473 aa  764    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  84.42 
 
 
476 aa  857    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  80.84 
 
 
476 aa  834    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  49.47 
 
 
474 aa  496  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  49.37 
 
 
473 aa  495  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  49.58 
 
 
473 aa  496  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  49.58 
 
 
473 aa  496  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  48.73 
 
 
481 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  48.73 
 
 
481 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  48.73 
 
 
481 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  48.95 
 
 
473 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  49.36 
 
 
476 aa  485  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  48.73 
 
 
473 aa  488  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  48.73 
 
 
473 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  49.36 
 
 
476 aa  485  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  48.73 
 
 
473 aa  488  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  48.52 
 
 
503 aa  488  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  48.83 
 
 
476 aa  488  1e-136  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  49.04 
 
 
470 aa  486  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  48.84 
 
 
497 aa  487  1e-136  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  47.47 
 
 
501 aa  484  1e-135  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  48.21 
 
 
474 aa  479  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  47.78 
 
 
474 aa  480  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.36 
 
 
478 aa  481  1e-134  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  49.58 
 
 
473 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  49.58 
 
 
480 aa  475  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  49.79 
 
 
473 aa  478  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  50 
 
 
473 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  50 
 
 
473 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  47.55 
 
 
475 aa  478  1e-133  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  50 
 
 
473 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  49.37 
 
 
473 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  48.63 
 
 
474 aa  469  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7154  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.58 
 
 
479 aa  462  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.535479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6339  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.96 
 
 
479 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00317674 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.74 
 
 
474 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.74 
 
 
474 aa  456  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.02 
 
 
479 aa  455  1e-127  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.02 
 
 
479 aa  455  1e-127  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.74 
 
 
474 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0973  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  45.61 
 
 
477 aa  449  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  36.46 
 
 
490 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  34.16 
 
 
485 aa  297  3e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  28.95 
 
 
576 aa  184  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  31.08 
 
 
461 aa  184  3e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  28.73 
 
 
576 aa  182  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  28.95 
 
 
583 aa  176  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.67 
 
 
459 aa  170  5e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  35.44 
 
 
529 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.4 
 
 
470 aa  167  5e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  30.25 
 
 
489 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  30.38 
 
 
487 aa  154  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.89 
 
 
564 aa  153  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.72 
 
 
472 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  26.98 
 
 
471 aa  151  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  30.14 
 
 
488 aa  150  6e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  30.55 
 
 
566 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  29.55 
 
 
520 aa  147  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.05 
 
 
472 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.86 
 
 
484 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  33.44 
 
 
518 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  28.9 
 
 
548 aa  143  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  29.74 
 
 
556 aa  143  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.68 
 
 
472 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  29.36 
 
 
524 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.68 
 
 
512 aa  139  8.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  30.81 
 
 
459 aa  138  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  26.26 
 
 
489 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  28.78 
 
 
487 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  30.11 
 
 
469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.46 
 
 
520 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  29.03 
 
 
426 aa  133  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.46 
 
 
473 aa  133  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  26.3 
 
 
486 aa  133  6.999999999999999e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  28.78 
 
 
516 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  30.38 
 
 
502 aa  131  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.33 
 
 
441 aa  131  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.49 
 
 
441 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.06 
 
 
554 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.93 
 
 
563 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.7 
 
 
521 aa  126  7e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.89 
 
 
485 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  31.65 
 
 
864 aa  123  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.54 
 
 
535 aa  123  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.48 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 
564 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  30.18 
 
 
506 aa  121  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  30.4 
 
 
506 aa  121  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  30.4 
 
 
506 aa  120  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  26.04 
 
 
723 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.54 
 
 
546 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.6 
 
 
546 aa  119  9.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.12 
 
 
567 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  27.27 
 
 
555 aa  118  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.31 
 
 
528 aa  116  7.999999999999999e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  29.53 
 
 
533 aa  115  1.0000000000000001e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>