More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2473 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
468 aa  960    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  34.77 
 
 
471 aa  239  1e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  29.64 
 
 
459 aa  178  2e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  28.26 
 
 
502 aa  173  5e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  31.27 
 
 
471 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  27.94 
 
 
520 aa  172  9e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  30.6 
 
 
516 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  27.87 
 
 
524 aa  169  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  27.77 
 
 
521 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 
489 aa  162  2e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  31.3 
 
 
556 aa  158  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.26 
 
 
473 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 
472 aa  157  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.2 
 
 
472 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.23 
 
 
564 aa  150  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.58 
 
 
520 aa  149  7e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 
529 aa  149  8e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  26.62 
 
 
555 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  26.74 
 
 
563 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.82 
 
 
472 aa  144  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  28.47 
 
 
555 aa  143  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.62 
 
 
494 aa  143  6e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  27.62 
 
 
494 aa  143  7e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 
470 aa  142  9.999999999999999e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 
494 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0974  AMP-dependent synthetase and ligase  37.34 
 
 
2142 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.411148  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.9 
 
 
494 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.19 
 
 
441 aa  140  6e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  31.01 
 
 
583 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.93 
 
 
535 aa  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  28.7 
 
 
507 aa  137  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.23 
 
 
512 aa  136  8e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.97 
 
 
441 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  31.92 
 
 
576 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.17 
 
 
484 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  23.72 
 
 
487 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.12 
 
 
554 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  31.54 
 
 
576 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.14 
 
 
518 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  26.61 
 
 
469 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  26.22 
 
 
461 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.93 
 
 
567 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.96 
 
 
501 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.71 
 
 
451 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
487 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
564 aa  130  6e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
473 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  27.8 
 
 
503 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  23.04 
 
 
723 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  29.96 
 
 
425 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.33 
 
 
534 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  29.06 
 
 
444 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.38 
 
 
580 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26 
 
 
565 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  27.82 
 
 
461 aa  126  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.3 
 
 
520 aa  126  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  26.89 
 
 
484 aa  125  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  25.63 
 
 
618 aa  124  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  27.49 
 
 
506 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.59 
 
 
558 aa  124  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  25.76 
 
 
488 aa  124  5e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 
506 aa  123  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  27.33 
 
 
548 aa  123  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  25.57 
 
 
459 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 
426 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 
506 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  26.34 
 
 
501 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.14 
 
 
485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.39 
 
 
600 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.57 
 
 
569 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25 
 
 
474 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  27.11 
 
 
612 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.11 
 
 
612 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  24.76 
 
 
566 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  25.52 
 
 
552 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  25.27 
 
 
547 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  24.81 
 
 
553 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  25.84 
 
 
675 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.7 
 
 
527 aa  117  6e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.94 
 
 
528 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  25.89 
 
 
864 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.63 
 
 
567 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  23.04 
 
 
539 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 
488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.27 
 
 
548 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.77 
 
 
647 aa  113  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.17 
 
 
546 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.08 
 
 
651 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.56 
 
 
547 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  25.27 
 
 
647 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.56 
 
 
546 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.17 
 
 
546 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  25.27 
 
 
490 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  26.57 
 
 
489 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  27.16 
 
 
475 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  24.77 
 
 
647 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.73 
 
 
651 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.73 
 
 
651 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.03 
 
 
612 aa  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  27.34 
 
 
608 aa  109  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>