More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2416 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
469 aa  967    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  30.13 
 
 
471 aa  176  7e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.3 
 
 
459 aa  175  1.9999999999999998e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  29.69 
 
 
502 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  31.51 
 
 
563 aa  169  7e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  29.06 
 
 
524 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  28.42 
 
 
461 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  25.51 
 
 
487 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  29.18 
 
 
521 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.72 
 
 
520 aa  163  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  29.47 
 
 
556 aa  160  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  30.28 
 
 
488 aa  159  9e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.79 
 
 
472 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  29.95 
 
 
1250 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  30.71 
 
 
470 aa  155  1e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.31 
 
 
554 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.58 
 
 
487 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.43 
 
 
518 aa  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.65 
 
 
461 aa  154  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.29 
 
 
472 aa  152  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.94 
 
 
441 aa  152  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.27 
 
 
473 aa  150  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.02 
 
 
472 aa  150  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  25.76 
 
 
576 aa  149  7e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  26.14 
 
 
723 aa  150  7e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  25.35 
 
 
576 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  30.24 
 
 
533 aa  149  2.0000000000000003e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  29.79 
 
 
529 aa  148  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.21 
 
 
441 aa  147  6e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.24 
 
 
484 aa  146  8.000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.38 
 
 
548 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  30 
 
 
484 aa  146  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  29.38 
 
 
476 aa  145  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  30.1 
 
 
462 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.13 
 
 
471 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.3 
 
 
451 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 
494 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  30.05 
 
 
603 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  29.04 
 
 
475 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  31.4 
 
 
520 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  25.8 
 
 
489 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
494 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.57 
 
 
476 aa  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.03 
 
 
478 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  28.44 
 
 
489 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  29.38 
 
 
444 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  28.6 
 
 
608 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.37 
 
 
609 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  29.58 
 
 
475 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.98 
 
 
512 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  24.47 
 
 
583 aa  136  8e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.8 
 
 
564 aa  136  8e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.17 
 
 
494 aa  136  9e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.53 
 
 
479 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  26.36 
 
 
468 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.53 
 
 
479 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.17 
 
 
494 aa  136  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  27.79 
 
 
476 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  26.47 
 
 
552 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.32 
 
 
546 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.46 
 
 
473 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  30.53 
 
 
618 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.46 
 
 
485 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.92 
 
 
459 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  29.66 
 
 
609 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  27.62 
 
 
473 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.2 
 
 
473 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
497 aa  130  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  28.86 
 
 
488 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  28.08 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  28.48 
 
 
425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.06 
 
 
546 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.82 
 
 
608 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.65 
 
 
546 aa  127  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.78 
 
 
547 aa  127  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  26.87 
 
 
488 aa  128  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.33 
 
 
612 aa  126  8.000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.07 
 
 
520 aa  126  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.73 
 
 
647 aa  125  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.03 
 
 
567 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.48 
 
 
535 aa  124  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.78 
 
 
546 aa  124  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.49 
 
 
558 aa  123  7e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.16 
 
 
546 aa  123  7e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  25.18 
 
 
566 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.56 
 
 
548 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  26.61 
 
 
564 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  27.96 
 
 
534 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1927  cobalamin B12-binding domain protein  27.42 
 
 
288 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.2434  normal  0.204325 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27 
 
 
674 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  24.46 
 
 
462 aa  120  6e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3488  Radical SAM domain protein  27.01 
 
 
369 aa  120  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.13 
 
 
651 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  27.39 
 
 
647 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.2 
 
 
546 aa  119  9.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.04 
 
 
528 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  27.39 
 
 
647 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.73 
 
 
527 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.13 
 
 
651 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.76 
 
 
474 aa  119  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>