More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3574 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
461 aa  957    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  37.18 
 
 
459 aa  292  1e-77  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  31.38 
 
 
484 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  34.65 
 
 
470 aa  248  2e-64  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  30.7 
 
 
520 aa  230  3e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.63 
 
 
441 aa  230  5e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  35.37 
 
 
441 aa  225  1e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  30.42 
 
 
529 aa  224  3e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  33.26 
 
 
459 aa  216  5.9999999999999996e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  30.67 
 
 
489 aa  191  2e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.66 
 
 
476 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  31.16 
 
 
476 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  30.82 
 
 
476 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  31.08 
 
 
475 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.65 
 
 
473 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.4 
 
 
473 aa  182  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  30.68 
 
 
475 aa  182  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  32.05 
 
 
556 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  31.58 
 
 
518 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  29.07 
 
 
576 aa  177  5e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.66 
 
 
488 aa  176  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  29.28 
 
 
576 aa  176  6e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  28.03 
 
 
471 aa  176  8e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  28.51 
 
 
487 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.19 
 
 
487 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 
503 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 
472 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  28.67 
 
 
426 aa  171  3e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  31.44 
 
 
533 aa  170  4e-41  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  26.23 
 
 
501 aa  170  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.03 
 
 
472 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.2 
 
 
473 aa  167  4e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.45 
 
 
472 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.89 
 
 
681 aa  166  6.9999999999999995e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.61 
 
 
451 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 
506 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.61 
 
 
512 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  25.91 
 
 
506 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 
506 aa  163  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.29 
 
 
501 aa  163  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.44 
 
 
554 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 
516 aa  162  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.4 
 
 
494 aa  159  8e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.21 
 
 
563 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  27.49 
 
 
583 aa  158  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  27.9 
 
 
552 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
488 aa  158  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 
524 aa  157  4e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.84 
 
 
444 aa  156  8e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  28.85 
 
 
494 aa  156  8e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.1 
 
 
609 aa  155  1e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  28.98 
 
 
474 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.92 
 
 
474 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.57 
 
 
612 aa  154  4e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  28.18 
 
 
609 aa  154  4e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.83 
 
 
494 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  28.32 
 
 
501 aa  153  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.83 
 
 
494 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  28.23 
 
 
470 aa  151  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  26.42 
 
 
1250 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 
723 aa  150  4e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  31.18 
 
 
677 aa  150  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 
564 aa  150  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.27 
 
 
478 aa  149  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  31.16 
 
 
476 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.48 
 
 
479 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.16 
 
 
476 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.48 
 
 
479 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  27.65 
 
 
469 aa  145  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  28.36 
 
 
476 aa  145  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  26.64 
 
 
521 aa  144  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  27.97 
 
 
497 aa  144  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.4 
 
 
674 aa  143  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.14 
 
 
485 aa  143  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  30.02 
 
 
608 aa  143  7e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 
458 aa  143  7e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.8 
 
 
474 aa  143  8e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  28.08 
 
 
490 aa  142  9e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  28.93 
 
 
456 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 
502 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  27.18 
 
 
462 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  29.12 
 
 
475 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  28.45 
 
 
548 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 
473 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  29.11 
 
 
461 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.61 
 
 
535 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 
520 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.57 
 
 
468 aa  137  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.39 
 
 
485 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  27.63 
 
 
545 aa  136  7.000000000000001e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  27.18 
 
 
603 aa  136  9e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.63 
 
 
474 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.63 
 
 
474 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.51 
 
 
484 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  28.27 
 
 
474 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  27.47 
 
 
425 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.42 
 
 
474 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.46 
 
 
564 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  31.02 
 
 
473 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  31.33 
 
 
481 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>