More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2435 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  63.6 
 
 
521 aa  677    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  73.31 
 
 
520 aa  782    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
524 aa  1084    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  67.54 
 
 
502 aa  723    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  35.9 
 
 
487 aa  311  1e-83  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  35.18 
 
 
566 aa  269  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  31.81 
 
 
459 aa  226  5.0000000000000005e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  30.49 
 
 
516 aa  199  9e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
470 aa  195  2e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  30.2 
 
 
471 aa  193  5e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  28.88 
 
 
618 aa  188  2e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  33.8 
 
 
489 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.49 
 
 
472 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  30.36 
 
 
472 aa  182  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  28.7 
 
 
555 aa  177  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.81 
 
 
473 aa  176  6e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.48 
 
 
472 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  26.1 
 
 
555 aa  173  6.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  27.88 
 
 
507 aa  172  9e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 
529 aa  170  5e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  27.87 
 
 
468 aa  169  8e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.32 
 
 
512 aa  169  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.22 
 
 
484 aa  168  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  28.96 
 
 
469 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  27.87 
 
 
503 aa  160  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 
488 aa  160  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  28.85 
 
 
501 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.6 
 
 
487 aa  158  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 
451 aa  159  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 
506 aa  157  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  31.09 
 
 
520 aa  157  4e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 
461 aa  157  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  28.64 
 
 
474 aa  155  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  30.05 
 
 
548 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  29.81 
 
 
506 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  29.89 
 
 
506 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 
499 aa  154  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 
518 aa  154  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  28.54 
 
 
501 aa  154  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  26.85 
 
 
631 aa  152  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.89 
 
 
546 aa  151  2e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.29 
 
 
468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.23 
 
 
444 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  27.25 
 
 
471 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.13 
 
 
533 aa  147  5e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 
556 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.92 
 
 
564 aa  146  9e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.65 
 
 
546 aa  146  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.97 
 
 
608 aa  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.65 
 
 
546 aa  144  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.31 
 
 
546 aa  144  4e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  31.04 
 
 
462 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.31 
 
 
546 aa  144  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.8 
 
 
528 aa  144  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.65 
 
 
547 aa  144  5e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.38 
 
 
441 aa  143  6e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  31.18 
 
 
476 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.56 
 
 
554 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  29.36 
 
 
475 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.3 
 
 
485 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  29.53 
 
 
475 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.83 
 
 
558 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.17 
 
 
520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  24.95 
 
 
488 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.81 
 
 
677 aa  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.5 
 
 
546 aa  141  3e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.46 
 
 
567 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.14 
 
 
441 aa  140  7e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.83 
 
 
612 aa  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.11 
 
 
569 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  27.49 
 
 
608 aa  139  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  30.42 
 
 
476 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  27.46 
 
 
425 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.88 
 
 
567 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.8 
 
 
674 aa  137  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  32.6 
 
 
609 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.47 
 
 
527 aa  137  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.38 
 
 
564 aa  136  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  28.21 
 
 
501 aa  136  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  31.4 
 
 
450 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  25.74 
 
 
459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.4 
 
 
580 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.95 
 
 
473 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  28.23 
 
 
675 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  30.88 
 
 
576 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  30.51 
 
 
576 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.23 
 
 
548 aa  134  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  25.12 
 
 
484 aa  134  5e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.79 
 
 
476 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  27.43 
 
 
603 aa  133  6.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.51 
 
 
535 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  28.65 
 
 
494 aa  133  7.999999999999999e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  26.94 
 
 
484 aa  133  9e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.36 
 
 
547 aa  133  9e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  29.21 
 
 
563 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  28.65 
 
 
494 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.06 
 
 
473 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 
489 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.56 
 
 
565 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  31.09 
 
 
583 aa  129  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>