More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1705 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  79.24 
 
 
472 aa  794    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  100 
 
 
472 aa  976    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  74.84 
 
 
473 aa  744    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  75.21 
 
 
472 aa  754    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  49.58 
 
 
484 aa  491  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  42.62 
 
 
548 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  34.52 
 
 
488 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  33.89 
 
 
487 aa  218  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  30.7 
 
 
471 aa  209  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  29.15 
 
 
489 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  29.4 
 
 
470 aa  195  2e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  30.84 
 
 
566 aa  192  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  33.83 
 
 
564 aa  189  7e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  30.69 
 
 
556 aa  187  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 
576 aa  184  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  30.11 
 
 
518 aa  183  6e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  32.88 
 
 
520 aa  183  8.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  29.83 
 
 
484 aa  180  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  33.17 
 
 
521 aa  180  4e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  30.02 
 
 
459 aa  180  4.999999999999999e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.83 
 
 
485 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
576 aa  180  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  30.53 
 
 
502 aa  179  7e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  32.63 
 
 
462 aa  179  8e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  28.74 
 
 
583 aa  177  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  30.83 
 
 
520 aa  177  4e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  29.22 
 
 
444 aa  177  4e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.85 
 
 
554 aa  176  7e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.48 
 
 
567 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  28.39 
 
 
494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  28.39 
 
 
494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  27.86 
 
 
494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  33.83 
 
 
564 aa  173  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  30.48 
 
 
524 aa  173  5e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.18 
 
 
441 aa  173  5.999999999999999e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 
494 aa  172  2e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.7 
 
 
528 aa  171  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 
441 aa  170  6e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.25 
 
 
527 aa  170  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  27.99 
 
 
534 aa  169  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.19 
 
 
535 aa  169  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  29.03 
 
 
563 aa  167  5e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 
529 aa  167  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  29.45 
 
 
461 aa  166  6.9999999999999995e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.6 
 
 
451 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.59 
 
 
681 aa  163  6e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.74 
 
 
548 aa  162  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.65 
 
 
546 aa  162  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  30.33 
 
 
426 aa  162  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  27.49 
 
 
487 aa  162  1e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  25.98 
 
 
723 aa  161  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.67 
 
 
547 aa  161  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.64 
 
 
520 aa  161  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  30.75 
 
 
471 aa  158  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.33 
 
 
512 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.05 
 
 
547 aa  156  8e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  29.57 
 
 
473 aa  155  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.28 
 
 
558 aa  155  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  27.95 
 
 
503 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.39 
 
 
565 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  30.2 
 
 
468 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.64 
 
 
476 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.35 
 
 
546 aa  154  4e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26.73 
 
 
468 aa  153  5.9999999999999996e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  27.44 
 
 
516 aa  152  8.999999999999999e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.13 
 
 
546 aa  151  3e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  28.94 
 
 
533 aa  151  3e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  29.3 
 
 
476 aa  150  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  27.05 
 
 
501 aa  150  4e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.61 
 
 
546 aa  150  6e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  29.64 
 
 
475 aa  150  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  32.97 
 
 
677 aa  150  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.81 
 
 
546 aa  150  7e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.73 
 
 
567 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  30.45 
 
 
476 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.05 
 
 
580 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  28.42 
 
 
501 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.05 
 
 
488 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  30.05 
 
 
475 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  27.32 
 
 
461 aa  147  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  27.29 
 
 
501 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.74 
 
 
474 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  28.61 
 
 
459 aa  147  5e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.93 
 
 
612 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  25.93 
 
 
612 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  33.65 
 
 
674 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.77 
 
 
546 aa  145  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.94 
 
 
569 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  28.76 
 
 
469 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  28.24 
 
 
425 aa  144  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.9 
 
 
474 aa  144  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  29.33 
 
 
624 aa  144  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  26.33 
 
 
506 aa  144  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
507 aa  143  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 
552 aa  143  6e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  26.33 
 
 
506 aa  143  9e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  27.98 
 
 
474 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.67 
 
 
612 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  28.92 
 
 
473 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.05 
 
 
600 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>