More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3408 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  82.88 
 
 		 473 aa  842    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  64.69 
 
 		 474 aa  655    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  78.86 
 
 		 473 aa  793    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  82.88 
 
 		 473 aa  842    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  89.83 
 
 		 474 aa  895    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  82.88 
 
 		 473 aa  842    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  70.21 
 
 		 476 aa  686    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  82.88 
 
 		 481 aa  842    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  79.49 
 
 		 480 aa  796    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  84.57 
 
 		 473 aa  856    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  82.88 
 
 		 481 aa  842    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  83.09 
 
 		 503 aa  845    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  83.47 
 
 		 474 aa  849    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  70.21 
 
 		 476 aa  686    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  86.05 
 
 		 473 aa  870    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  85.62 
 
 		 473 aa  865    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  100 
 
 		 473 aa  986    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  79.7 
 
 		 473 aa  794    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  79.7 
 
 		 473 aa  794    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  79.07 
 
 		 473 aa  795    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  79.7 
 
 		 473 aa  794    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  79.36 
 
 		 470 aa  796    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  82.88 
 
 		 481 aa  842    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  79.49 
 
 		 473 aa  798    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  64.69 
 
 		 474 aa  633  1e-180  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7154  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  63.64 
 
 		 479 aa  625  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.535479  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0973  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  63 
 
 		 477 aa  625  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  62.87 
 
 		 474 aa  625  1e-178  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  62.87 
 
 		 474 aa  625  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  62.66 
 
 		 474 aa  624  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6339  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  63.64 
 
 		 479 aa  623  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317674 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  57.72 
 
 		 478 aa  578  1e-164  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  58 
 
 		 476 aa  563  1.0000000000000001e-159  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  57.78 
 
 		 479 aa  552  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  57.78 
 
 		 479 aa  552  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  55.03 
 
 		 497 aa  545  1e-154  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  49.47 
 
 		 476 aa  503  1e-141  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  49.58 
 
 		 475 aa  491  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  48.95 
 
 		 475 aa  489  1e-137  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.57 
 
 		 476 aa  486  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  48.94 
 
 		 501 aa  477  1e-133  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  47.36 
 
 		 473 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  46.51 
 
 		 476 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  46.72 
 
 		 473 aa  464  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  47.32 
 
 		 475 aa  454  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  39.86 
 
 		 490 aa  317  3e-85  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.61 
 
 		 485 aa  272  8.000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  31.79 
 
 		 576 aa  152  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 		 576 aa  152  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  31.65 
 
 		 583 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.92 
 
 		 472 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.54 
 
 		 459 aa  141  3e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.94 
 
 		 472 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.91 
 
 		 441 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  28.26 
 
 		 472 aa  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  30.75 
 
 		 441 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 		 461 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.14 
 
 		 484 aa  133  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  26.37 
 
 		 548 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 		 473 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  27.03 
 
 		 489 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.49 
 
 		 487 aa  126  7e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 		 470 aa  125  2e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.49 
 
 		 488 aa  124  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 		 471 aa  124  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  29.44 
 
 		 487 aa  124  5e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  30.54 
 
 		 529 aa  123  6e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  28.29 
 
 		 520 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.07 
 
 		 533 aa  117  5e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  28.28 
 
 		 469 aa  117  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  27.68 
 
 		 489 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.22 
 
 		 520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  28.66 
 
 		 518 aa  115  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  26.29 
 
 		 486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 554 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  30.09 
 
 		 556 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.07 
 
 		 521 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 		 462 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  26.91 
 
 		 516 aa  111  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  25.86 
 
 		 566 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.26 
 
 		 546 aa  110  4.0000000000000004e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  30.57 
 
 		 563 aa  110  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.26 
 
 		 546 aa  110  7.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.04 
 
 		 546 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  29.1 
 
 		 502 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.6 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  30.89 
 
 		 564 aa  108  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.26 
 
 		 546 aa  107  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  27.33 
 
 		 494 aa  107  5e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.33 
 
 		 494 aa  107  6e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 723 aa  107  6e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.11 
 
 		 681 aa  107  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  28.79 
 
 		 473 aa  106  8e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.38 
 
 		 546 aa  106  9e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  27.32 
 
 		 1250 aa  104  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 		 524 aa  104  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.12 
 
 		 612 aa  102  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 		 564 aa  101  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.84 
 
 		 485 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  25.45 
 
 		 528 aa  101  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>