More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1742 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  63.6 
 
 
524 aa  677    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  67.6 
 
 
502 aa  724    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  66.73 
 
 
520 aa  696    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
521 aa  1079    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  37.35 
 
 
487 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  32.53 
 
 
566 aa  248  3e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.4 
 
 
459 aa  219  1e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  31.97 
 
 
470 aa  204  2e-51  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  29.1 
 
 
516 aa  204  4e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  31.25 
 
 
473 aa  187  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  32.23 
 
 
472 aa  187  6e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.55 
 
 
472 aa  186  9e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 
555 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  33.17 
 
 
472 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  29 
 
 
507 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  29.44 
 
 
555 aa  177  6e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  28.6 
 
 
618 aa  172  1e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  29.48 
 
 
548 aa  170  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 
471 aa  169  8e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  30.68 
 
 
489 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  27.77 
 
 
468 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  33.53 
 
 
520 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.78 
 
 
484 aa  163  6e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  29.62 
 
 
471 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  31.12 
 
 
494 aa  162  2e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  32.04 
 
 
556 aa  162  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.47 
 
 
518 aa  160  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  30.35 
 
 
564 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  30.55 
 
 
494 aa  158  3e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.91 
 
 
451 aa  157  6e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 
469 aa  157  6e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2167  radical SAM domain-containing protein  28.54 
 
 
499 aa  156  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.298857  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 
503 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.47 
 
 
494 aa  154  5e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.47 
 
 
494 aa  154  5e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.47 
 
 
512 aa  154  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  29.19 
 
 
563 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  29.49 
 
 
576 aa  152  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.54 
 
 
529 aa  152  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  29.83 
 
 
576 aa  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.54 
 
 
441 aa  149  9e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  28.84 
 
 
501 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  29.54 
 
 
564 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26.62 
 
 
468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.54 
 
 
441 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 
533 aa  149  2.0000000000000003e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 
474 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  28.38 
 
 
631 aa  148  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.43 
 
 
487 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.13 
 
 
674 aa  147  5e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.46 
 
 
506 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  32.79 
 
 
450 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  26.64 
 
 
461 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  28.46 
 
 
501 aa  144  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  28.18 
 
 
506 aa  143  6e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.43 
 
 
554 aa  143  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 
501 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  29.01 
 
 
488 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  29.46 
 
 
489 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  28.18 
 
 
506 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  31.05 
 
 
609 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.19 
 
 
546 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  28.18 
 
 
459 aa  139  1e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.19 
 
 
546 aa  138  2e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  27.94 
 
 
484 aa  139  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  30.92 
 
 
473 aa  138  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.76 
 
 
681 aa  139  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  27.72 
 
 
552 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.63 
 
 
546 aa  137  5e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.51 
 
 
444 aa  136  7.000000000000001e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  27.1 
 
 
472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.24 
 
 
546 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  27.66 
 
 
472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.71 
 
 
547 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.85 
 
 
546 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  30.21 
 
 
476 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.72 
 
 
520 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.77 
 
 
612 aa  134  3e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.08 
 
 
608 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  26.78 
 
 
583 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.7 
 
 
546 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.89 
 
 
677 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.71 
 
 
609 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  27.83 
 
 
425 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  26.68 
 
 
723 aa  131  4.0000000000000003e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.67 
 
 
485 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4068  Radical SAM domain protein  31.06 
 
 
633 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0722964  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 
488 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.25 
 
 
558 aa  128  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  29.81 
 
 
462 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0861  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.09 
 
 
561 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000604152  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 
603 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  26.29 
 
 
490 aa  127  6e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  25.97 
 
 
501 aa  127  6e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  27.09 
 
 
475 aa  127  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.02 
 
 
548 aa  127  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  27.6 
 
 
534 aa  127  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  28.7 
 
 
475 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.14 
 
 
473 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  27.79 
 
 
473 aa  126  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>