More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3415 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  75.21 
 
 
472 aa  748    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  100 
 
 
472 aa  973    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  79.24 
 
 
472 aa  794    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  70.4 
 
 
473 aa  714    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  47.48 
 
 
484 aa  484  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  41.01 
 
 
548 aa  385  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  32.71 
 
 
471 aa  217  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  32.39 
 
 
487 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  30.41 
 
 
470 aa  197  5.000000000000001e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  34.89 
 
 
564 aa  192  8e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  31.87 
 
 
488 aa  191  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  30.44 
 
 
502 aa  192  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  30.54 
 
 
518 aa  189  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  31.55 
 
 
521 aa  186  8e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  32.29 
 
 
520 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  31.49 
 
 
524 aa  184  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  29.66 
 
 
556 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  33.66 
 
 
520 aa  179  7e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  27.29 
 
 
489 aa  177  3e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  32.93 
 
 
564 aa  176  6e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  28.13 
 
 
566 aa  176  6e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  29.98 
 
 
444 aa  176  6e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  29.02 
 
 
494 aa  176  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 
459 aa  175  1.9999999999999998e-42  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  28.66 
 
 
494 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  28.97 
 
 
484 aa  173  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.99 
 
 
485 aa  173  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  28.81 
 
 
494 aa  171  2e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  28.81 
 
 
494 aa  171  2e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 
576 aa  169  7e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  35.52 
 
 
677 aa  168  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  25.94 
 
 
576 aa  167  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  28.03 
 
 
461 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  27.34 
 
 
583 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  30.59 
 
 
529 aa  167  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  31.61 
 
 
462 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.65 
 
 
554 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  33.43 
 
 
681 aa  164  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.27 
 
 
567 aa  160  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.93 
 
 
487 aa  160  5e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  30.17 
 
 
563 aa  159  9e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.7 
 
 
520 aa  157  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.57 
 
 
476 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  29.12 
 
 
533 aa  155  1e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.91 
 
 
547 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 
473 aa  155  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  29.52 
 
 
476 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 
723 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  30.53 
 
 
469 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  30.63 
 
 
471 aa  153  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  29.44 
 
 
647 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  29.72 
 
 
459 aa  152  1e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  28.04 
 
 
501 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.23 
 
 
558 aa  152  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.98 
 
 
441 aa  151  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  28.26 
 
 
501 aa  150  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.76 
 
 
441 aa  149  8e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  28.8 
 
 
451 aa  149  8e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.23 
 
 
547 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 
468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 
503 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  29.48 
 
 
426 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.81 
 
 
501 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.56 
 
 
548 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.4 
 
 
512 aa  147  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.27 
 
 
565 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.56 
 
 
546 aa  147  5e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  28.85 
 
 
475 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.45 
 
 
535 aa  146  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.13 
 
 
546 aa  145  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.17 
 
 
534 aa  146  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  30.08 
 
 
497 aa  145  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.33 
 
 
546 aa  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.72 
 
 
612 aa  145  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  27.82 
 
 
468 aa  144  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 
490 aa  144  4e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.82 
 
 
647 aa  144  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.53 
 
 
647 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.53 
 
 
651 aa  143  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.53 
 
 
651 aa  143  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.53 
 
 
647 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26 
 
 
569 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  28.54 
 
 
476 aa  144  5e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 
507 aa  143  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.56 
 
 
580 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  29.68 
 
 
475 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  25.59 
 
 
425 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  27.65 
 
 
476 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.53 
 
 
651 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  26.33 
 
 
506 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.56 
 
 
546 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.11 
 
 
546 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.45 
 
 
567 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  27.21 
 
 
475 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  25.66 
 
 
461 aa  141  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  33.97 
 
 
674 aa  141  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  28.36 
 
 
424 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  26.33 
 
 
506 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  26.33 
 
 
506 aa  140  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.07 
 
 
479 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>