More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0897 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 564 aa  1135    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  94.5 
 
 		 564 aa  979    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  55.8 
 
 		 563 aa  599  1e-170  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  54.79 
 
 		 556 aa  595  1e-169  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  54.74 
 
 		 554 aa  565  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  48.18 
 
 		 512 aa  464  1e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  46.55 
 
 		 518 aa  433  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  34.44 
 
 		 864 aa  229  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  34.89 
 
 		 472 aa  207  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  33.83 
 
 		 472 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  32.9 
 
 		 472 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  31.07 
 
 		 470 aa  200  5e-50  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  33.83 
 
 		 488 aa  200  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  31.72 
 
 		 459 aa  197  3e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  33.69 
 
 		 459 aa  196  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  36.39 
 
 		 520 aa  192  1e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  33.42 
 
 		 473 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  33.55 
 
 		 487 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.28 
 
 		 484 aa  190  5.999999999999999e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  32.42 
 
 		 489 aa  187  3e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  31.69 
 
 		 529 aa  184  5.0000000000000004e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  30.15 
 
 		 487 aa  181  4e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  32.27 
 
 		 723 aa  177  3e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  32.25 
 
 		 502 aa  177  7e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  32.87 
 
 		 484 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  28.27 
 
 		 576 aa  170  6e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  35.29 
 
 		 473 aa  170  8e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  31 
 
 		 503 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  31.16 
 
 		 1250 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  28.61 
 
 		 552 aa  167  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 462 aa  167  5e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  31.27 
 
 		 521 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  27.03 
 
 		 576 aa  165  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  31.54 
 
 		 520 aa  165  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  32.39 
 
 		 677 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  35.15 
 
 		 451 aa  163  7e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  35.2 
 
 		 450 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  34.67 
 
 		 647 aa  162  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 		 471 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  29.39 
 
 		 548 aa  160  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  29.45 
 
 		 494 aa  160  4e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 		 494 aa  161  4e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.08 
 
 		 681 aa  161  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.2 
 
 		 441 aa  160  5e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  30.92 
 
 		 441 aa  160  5e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  32.29 
 
 		 476 aa  160  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  30.4 
 
 		 494 aa  160  7e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  30.4 
 
 		 494 aa  160  7e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.17 
 
 		 674 aa  159  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  29.38 
 
 		 506 aa  159  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  28.64 
 
 		 583 aa  159  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.53 
 
 		 520 aa  158  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 		 506 aa  158  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  31.64 
 
 		 647 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 		 506 aa  157  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.28 
 
 		 535 aa  157  7e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  29.89 
 
 		 475 aa  155  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 		 461 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  28.57 
 
 		 475 aa  156  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.49 
 
 		 534 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  34.98 
 
 		 501 aa  155  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  30.86 
 
 		 476 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 		 524 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.89 
 
 		 476 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  33.22 
 
 		 647 aa  154  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.43 
 
 		 473 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 		 501 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33 
 
 		 651 aa  152  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33 
 
 		 647 aa  152  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33 
 
 		 647 aa  152  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.4 
 
 		 548 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  29.23 
 
 		 468 aa  152  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.43 
 
 		 473 aa  152  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33 
 
 		 651 aa  151  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  33 
 
 		 651 aa  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.31 
 
 		 485 aa  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.02 
 
 		 558 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  28.77 
 
 		 501 aa  147  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 488 aa  147  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  28.38 
 
 		 555 aa  146  9e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  30.89 
 
 		 497 aa  144  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.88 
 
 		 569 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.57 
 
 		 567 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.4 
 
 		 580 aa  140  7e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.34 
 
 		 565 aa  140  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  28.64 
 
 		 612 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.64 
 
 		 612 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.92 
 
 		 612 aa  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 		 474 aa  139  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.92 
 
 		 567 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 		 426 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.87 
 
 		 600 aa  139  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  28.09 
 
 		 547 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.22 
 
 		 546 aa  137  4e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.85 
 
 		 479 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.85 
 
 		 479 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 		 490 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  30.6 
 
 		 507 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  32.14 
 
 		 475 aa  136  9e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  30.42 
 
 		 581 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>