More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1338 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  99.8 
 
 
494 aa  1030    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  100 
 
 
494 aa  1031    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  89.27 
 
 
494 aa  943    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  89.27 
 
 
494 aa  944    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.82 
 
 
473 aa  184  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  31.15 
 
 
459 aa  182  1e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  32.34 
 
 
470 aa  178  2e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  31.85 
 
 
1250 aa  177  6e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  30.05 
 
 
501 aa  174  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.39 
 
 
472 aa  174  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.81 
 
 
472 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  28.85 
 
 
548 aa  170  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
472 aa  169  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  29.91 
 
 
488 aa  167  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  29.55 
 
 
563 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  29.34 
 
 
471 aa  166  9e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  29.95 
 
 
450 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  29.11 
 
 
501 aa  165  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  29.12 
 
 
462 aa  163  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.68 
 
 
512 aa  163  7e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  30.73 
 
 
529 aa  163  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.26 
 
 
487 aa  163  8.000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  31.84 
 
 
459 aa  161  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  31.34 
 
 
506 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  31.06 
 
 
506 aa  158  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 
489 aa  158  3e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.64 
 
 
546 aa  158  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  30.49 
 
 
488 aa  157  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  29.78 
 
 
503 aa  157  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  28.97 
 
 
556 aa  157  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  31.7 
 
 
518 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  27.38 
 
 
473 aa  155  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.8 
 
 
451 aa  155  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  30.23 
 
 
564 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.89 
 
 
546 aa  155  2e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  30.05 
 
 
501 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  31.34 
 
 
506 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.75 
 
 
485 aa  154  5e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.64 
 
 
546 aa  154  5e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  29.47 
 
 
521 aa  154  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  29.83 
 
 
461 aa  153  5.9999999999999996e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.25 
 
 
547 aa  153  7e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.75 
 
 
567 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.09 
 
 
441 aa  151  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  25.68 
 
 
576 aa  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  29.92 
 
 
461 aa  150  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  26.51 
 
 
576 aa  150  6e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.39 
 
 
546 aa  149  8e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.57 
 
 
485 aa  149  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  28.6 
 
 
525 aa  149  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.58 
 
 
484 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  28.61 
 
 
501 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 
533 aa  148  2.0000000000000003e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  31.96 
 
 
520 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  30.57 
 
 
441 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.35 
 
 
487 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.76 
 
 
565 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.14 
 
 
546 aa  148  3e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  26.37 
 
 
583 aa  148  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28 
 
 
580 aa  148  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.51 
 
 
546 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29 
 
 
554 aa  147  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.71 
 
 
681 aa  146  7.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  26.46 
 
 
675 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.11 
 
 
535 aa  145  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.7 
 
 
567 aa  145  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  25.94 
 
 
471 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.95 
 
 
569 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.36 
 
 
548 aa  144  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  30.05 
 
 
552 aa  143  6e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  29.4 
 
 
502 aa  143  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  27.62 
 
 
468 aa  143  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 
528 aa  140  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  30.47 
 
 
608 aa  139  8.999999999999999e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.53 
 
 
558 aa  139  8.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  27.71 
 
 
534 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.41 
 
 
520 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  27.32 
 
 
547 aa  137  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26 
 
 
600 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.2 
 
 
609 aa  136  7.000000000000001e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  28.92 
 
 
723 aa  136  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  26.22 
 
 
566 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  29.59 
 
 
564 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 
469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  28.93 
 
 
647 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1927  cobalamin B12-binding domain protein  33.23 
 
 
288 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.2434  normal  0.204325 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  22.7 
 
 
516 aa  134  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  27.32 
 
 
612 aa  134  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  28.89 
 
 
488 aa  134  5e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.32 
 
 
612 aa  134  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.07 
 
 
674 aa  134  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.39 
 
 
520 aa  134  6e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  26.76 
 
 
618 aa  133  9e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.43 
 
 
527 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.38 
 
 
528 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 
603 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.66 
 
 
647 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.66 
 
 
647 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.66 
 
 
651 aa  130  6e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  29.97 
 
 
647 aa  130  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>