More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0513 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  58.28 
 
 
612 aa  714    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  71.43 
 
 
609 aa  925    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  65.46 
 
 
608 aa  835    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  56.46 
 
 
603 aa  712    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  66 
 
 
608 aa  838    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  100 
 
 
609 aa  1263    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  32.11 
 
 
459 aa  190  8e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  34.25 
 
 
488 aa  179  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  32.48 
 
 
489 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.37 
 
 
451 aa  171  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  29.5 
 
 
474 aa  169  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 
484 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  31.88 
 
 
487 aa  163  1e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.5 
 
 
558 aa  161  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.82 
 
 
520 aa  159  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  28.18 
 
 
461 aa  154  5.9999999999999996e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  31.93 
 
 
488 aa  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  29.43 
 
 
547 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  28.46 
 
 
534 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  27.96 
 
 
503 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  30.4 
 
 
441 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.83 
 
 
441 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 
506 aa  147  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.05 
 
 
569 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 
506 aa  146  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  27.5 
 
 
501 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 
506 aa  145  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.92 
 
 
535 aa  143  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.39 
 
 
548 aa  143  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.79 
 
 
600 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  29.32 
 
 
612 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.32 
 
 
612 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.97 
 
 
484 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.47 
 
 
470 aa  141  3e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  29.53 
 
 
459 aa  141  3e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.78 
 
 
565 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  31.05 
 
 
521 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.85 
 
 
580 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  31.35 
 
 
487 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  30.91 
 
 
533 aa  140  8.999999999999999e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
473 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.84 
 
 
567 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.83 
 
 
567 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 
502 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  32.6 
 
 
524 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  30.29 
 
 
444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.48 
 
 
547 aa  134  3e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  27.6 
 
 
675 aa  134  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.61 
 
 
520 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.79 
 
 
546 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 
529 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.97 
 
 
546 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  29.01 
 
 
471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 
494 aa  131  3e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  29.22 
 
 
439 aa  132  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.59 
 
 
546 aa  131  4.0000000000000003e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 
462 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  29.7 
 
 
520 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  27.55 
 
 
494 aa  130  9.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.28 
 
 
546 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
501 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.9 
 
 
472 aa  128  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.33 
 
 
546 aa  128  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 
468 aa  126  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.3 
 
 
494 aa  124  4e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  27.3 
 
 
494 aa  124  4e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 
449 aa  124  5e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  29.35 
 
 
430 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.46 
 
 
546 aa  123  9.999999999999999e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  23.87 
 
 
425 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
472 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.88 
 
 
527 aa  121  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27 
 
 
472 aa  120  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  29.48 
 
 
489 aa  120  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  29.11 
 
 
428 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  26.85 
 
 
471 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  27.23 
 
 
472 aa  117  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  27.68 
 
 
548 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  29.19 
 
 
484 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  29.66 
 
 
469 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  26.36 
 
 
471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.04 
 
 
528 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  26.35 
 
 
472 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  26.36 
 
 
471 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  27.87 
 
 
433 aa  115  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  26.43 
 
 
469 aa  115  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  31.59 
 
 
577 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  28.74 
 
 
452 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  29.12 
 
 
428 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.42 
 
 
508 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  28.68 
 
 
556 aa  114  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  27.44 
 
 
465 aa  114  6e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  26.81 
 
 
459 aa  114  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 
476 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  27.88 
 
 
467 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.38 
 
 
461 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  26.6 
 
 
495 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 
429 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  28.32 
 
 
468 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.18 
 
 
516 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>