More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2496 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  80.04 
 
 
487 aa  798    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  100 
 
 
502 aa  1015    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  61.26 
 
 
517 aa  620  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  56.8 
 
 
521 aa  610  1e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  58.42 
 
 
515 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  57.72 
 
 
513 aa  589  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  58.91 
 
 
513 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  56.62 
 
 
513 aa  578  1e-164  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  56.26 
 
 
523 aa  579  1e-164  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  36.17 
 
 
452 aa  219  6e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  31.73 
 
 
456 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  31.89 
 
 
487 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  30.54 
 
 
469 aa  189  8e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  31.17 
 
 
475 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.07 
 
 
451 aa  160  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 
533 aa  153  5.9999999999999996e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.56 
 
 
441 aa  141  3e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  29.56 
 
 
441 aa  140  6e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  27.14 
 
 
506 aa  127  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  27.82 
 
 
506 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.18 
 
 
501 aa  124  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.72 
 
 
470 aa  124  5e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  27.82 
 
 
506 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.16 
 
 
567 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.18 
 
 
547 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.94 
 
 
535 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.21 
 
 
546 aa  117  5e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  25.87 
 
 
534 aa  116  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.78 
 
 
520 aa  116  8.999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.29 
 
 
546 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.21 
 
 
546 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 
459 aa  113  8.000000000000001e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.21 
 
 
546 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.76 
 
 
546 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.23 
 
 
569 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.65 
 
 
565 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  24.64 
 
 
503 aa  110  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.38 
 
 
548 aa  110  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  23.43 
 
 
489 aa  110  6e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.82 
 
 
567 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.35 
 
 
528 aa  109  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.17 
 
 
527 aa  107  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.64 
 
 
508 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  24.13 
 
 
501 aa  106  9e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.18 
 
 
508 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  24.14 
 
 
461 aa  105  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.82 
 
 
580 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.33 
 
 
516 aa  104  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  30.05 
 
 
577 aa  103  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.38 
 
 
546 aa  103  8e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.87 
 
 
558 aa  102  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
488 aa  101  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.41 
 
 
468 aa  101  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.63 
 
 
473 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  29.79 
 
 
573 aa  100  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.35 
 
 
600 aa  98.6  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  29.2 
 
 
488 aa  99  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  24.58 
 
 
675 aa  98.2  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.67 
 
 
472 aa  98.2  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  28.96 
 
 
444 aa  98.2  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.04 
 
 
554 aa  97.8  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  29.52 
 
 
572 aa  97.4  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  25.12 
 
 
612 aa  97.4  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.12 
 
 
612 aa  97.4  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.2 
 
 
487 aa  97.1  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.06 
 
 
609 aa  96.3  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.1 
 
 
472 aa  95.1  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.35 
 
 
518 aa  95.5  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 
608 aa  94.7  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  28.05 
 
 
486 aa  94.7  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.23 
 
 
529 aa  93.6  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 
484 aa  93.2  9e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  26.68 
 
 
429 aa  92.4  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  26.98 
 
 
553 aa  92  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  29.31 
 
 
430 aa  91.3  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 
520 aa  91.3  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  23.64 
 
 
547 aa  90.1  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  25.31 
 
 
459 aa  89.4  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3236  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 
462 aa  89.7  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
472 aa  89.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.06 
 
 
484 aa  89.4  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  27.95 
 
 
437 aa  89  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.96 
 
 
520 aa  89  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 
474 aa  87.8  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  27.24 
 
 
428 aa  86.7  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  25.43 
 
 
433 aa  85.9  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 
471 aa  85.9  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  27.4 
 
 
521 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
439 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  26.15 
 
 
476 aa  85.9  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  25.93 
 
 
545 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.35 
 
 
612 aa  84.7  0.000000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 
477 aa  85.1  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  26.85 
 
 
472 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 
556 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 
471 aa  84.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 
471 aa  84.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1024  Radical SAM domain protein  31.84 
 
 
467 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  27.75 
 
 
490 aa  83.2  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  26.08 
 
 
472 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>