More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_4087 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
458 aa  928    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  30.59 
 
 
451 aa  157  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 
470 aa  153  8e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.22 
 
 
485 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  27.66 
 
 
489 aa  145  2e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 
459 aa  144  2e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  32.63 
 
 
488 aa  144  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  32.49 
 
 
487 aa  144  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 
461 aa  143  7e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  26.84 
 
 
552 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  28.2 
 
 
475 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.17 
 
 
441 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.17 
 
 
441 aa  138  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  29.82 
 
 
484 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 
520 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  28.57 
 
 
459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  27.96 
 
 
576 aa  134  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  27.63 
 
 
576 aa  133  9e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  28.88 
 
 
1250 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  29.87 
 
 
583 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.2 
 
 
471 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 
472 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  29.67 
 
 
529 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.78 
 
 
558 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.21 
 
 
567 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.01 
 
 
472 aa  127  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.88 
 
 
612 aa  126  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.88 
 
 
612 aa  126  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  27.62 
 
 
501 aa  125  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  30.07 
 
 
450 aa  124  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.65 
 
 
528 aa  123  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.32 
 
 
533 aa  123  7e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 
503 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.43 
 
 
600 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.28 
 
 
472 aa  121  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.38 
 
 
546 aa  120  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  28.18 
 
 
501 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  30.45 
 
 
474 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.95 
 
 
527 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  27.14 
 
 
444 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.8 
 
 
494 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.47 
 
 
556 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.74 
 
 
494 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  29.19 
 
 
489 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 
484 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  29.26 
 
 
506 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.74 
 
 
494 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.81 
 
 
547 aa  117  3e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
506 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 
501 aa  117  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.13 
 
 
546 aa  116  7.999999999999999e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.25 
 
 
547 aa  116  8.999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  29.01 
 
 
506 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.38 
 
 
546 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.29 
 
 
494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.13 
 
 
546 aa  114  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.79 
 
 
567 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  29.93 
 
 
469 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.93 
 
 
546 aa  114  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.32 
 
 
485 aa  114  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.43 
 
 
580 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  30.33 
 
 
472 aa  114  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 
468 aa  113  6e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.43 
 
 
535 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.67 
 
 
548 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.88 
 
 
473 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  30.85 
 
 
518 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 
471 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  27.98 
 
 
563 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.42 
 
 
569 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.87 
 
 
565 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.25 
 
 
647 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3496  radical SAM family Fe-S protein  28.7 
 
 
437 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.256122  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  32.81 
 
 
467 aa  110  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.37 
 
 
546 aa  110  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  29.33 
 
 
472 aa  110  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.42 
 
 
534 aa  110  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  27.93 
 
 
462 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
609 aa  108  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  30.59 
 
 
488 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  32.5 
 
 
564 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  28.87 
 
 
608 aa  108  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.75 
 
 
512 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  27.38 
 
 
476 aa  108  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  25.34 
 
 
548 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.41 
 
 
520 aa  108  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.39 
 
 
681 aa  107  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.91 
 
 
651 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  26.96 
 
 
476 aa  107  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 
507 aa  106  9e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.57 
 
 
651 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  26.49 
 
 
490 aa  106  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.86 
 
 
612 aa  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.57 
 
 
647 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.57 
 
 
647 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.57 
 
 
651 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  28.57 
 
 
647 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
647 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 
603 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  27.94 
 
 
475 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>